空间单细胞转录组数据分析教程当然是看10x官网啊

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因为单细胞分辨率的空间转录组测序—-Visium HD全球发布，我们也可以开始拿正眼瞧一下这个空间单细胞转录组技术啦！作为数据分析人员，我们其实关心的是它产出什么样的数据，然后下游数据分析分析（统计可视化），以及如何更好的配合生命科学领域研究者赋予它科研意义！

因为还是10x技术，所以产出什么样的数据应该是不会有变化，仍然是fastq文件走10x官网流程即可，详见：10x的空间单细胞文件格式详解，但是下游数据分析分析（统计可视化）就五花八门了，我们会有一个《空间单细胞转录组数据分析》接下来半年持续创作，如果大家比较着急，就可以先看看10x官网：

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虽然说教程并不多，目前（2023年12月29日）就33个，但是每个内容都很详实，比如：

而且很标准

  • Introduction
  • Step 1: Download and install software
  • Step 2: Download and unpack data
  • Step 3: Run Cell Ranger
  • Step 4: Run Space Ranger
  • Step 5: Install and load R packages
  • Step 6: Load and format Visium data
  • Step 7a: Load and format Chromium data
  • Step 7b: Create cell types object
  • Step 7c: Create nUMI object
  • Step 7d: Create reference object
  • Step 8: Create and run RCTD (robust cell type decomposition)
  • Results
  • References
  • Further reading
  • R session info
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