是否有必要对癌症病人的血液采样做单细胞转录组呢

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最近看到了《单细胞天地》公众号介绍了一个2021年发表在NC的文章，标题：《Dissecting esophageal squamous-cell carcinoma ecosystem by single-cell transcriptomic analysis》

  • 在线阅读链接：https://doi.org/10.1038/s41467-021-25539-x
  • 数据链接是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE160269
    文章是利用10X Genomics 平台对60例食管癌组织和4例癌旁正常组织标本进行了scRNA-seq分析，在上面的GSE160269页面可以看到详情，而且作者预先分选了免疫细胞和非免疫细胞，两个部分的样品去做单细胞，第一层次降维聚类分群如下所示：
    image-20231117113647937
    前面提到了是60例食管癌组织和4例癌旁正常组织标本，但是作者其实是对病人也同步采样了血液，却没有在单细胞环节做血液样品，一般来说，癌旁组织取决于手术操作医生，不一定能取到癌旁组织样品。但是血液就比较容易获取了，因为医院病人经常是需要做血常规的。
    血液就比较容易获取
    几个小问题：
  • WGS或者WES这样的肿瘤DNA层面的测序为什么测病人的肿瘤组织以及配对的血液样品
  • 本文的单细胞转录组为什么可以忽略配对的血液样品
  • 是否有其它文章其实是病人的肿瘤组织以及配对的血液样品一起做肿瘤单细胞

    假如你需要正常人的PBMC样品

    其实已经是完全没有必要自己耗费几百万去测序了，疫情期间大量的新冠病毒感染患者的单细胞转录组数据是公开可以获取的。而且我最近看到了一个2023发表在NG杂志的文章：《Precise identification of cell states altered in disease using healthy single-cell references》，就做了这样的一个整理，汇总了来自13项研究的scRNA-seq数据来模拟图谱、疾病和对照数据集的属性，这些数据来自1,248名捐赠者的健康外周血单个核细胞（PBMC），汇总后的降维聚类分群如下所示：
    image-20231117145121038
    如果大家自测的单细胞转录组数据项目里面缺这样的正常人的PBMC数据，完完全全可以加入这些公共数据集做比较哦！

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