之前写的很多单细胞笔记都是基于V4版本的Seurat系列包，其中SeuratData 是 R 语言中 Seurat 包提供的一个数据包，旨在为使用 Seurat 进行单细胞RNA测序分析的用户提供方便的测试数据。Seurat 是一款用于单细胞转录组学分析的强大工具，而 SeuratData 数据包则包含了一些用于练习和演示的标准数据集，帮助用户学习和熟悉 Seurat 的使用。

SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候，用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤，了解 Seurat 包的各种功能。比如我们经常使用的是pbmc3k这个数据集：

 # install.packages('devtools')
 # devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
 library(SeuratData) #加载seurat数据集 
 getOption('timeout')
 options(timeout=10000)
 # InstallData("pbmc3k") 
 data("pbmc3k")

但是最近发现自己的一个电脑里面是没有SeuratData ，就需要安装它，如下所示，就发现了它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包：

> devtools::install_github('satijalab/seurat-data')
Downloading GitHub repo satijalab/seurat-data@HEAD
These packages have more recent versions available.
It is recommended to update all of them.
Which would you like to update?

1: All 
 2: CRAN packages only 
 3: None 
 4: rlang (1.1.1 -> 1.1.2 ) [CRAN]
 5: dotCall64 (1.0-2 -> 1.1-1 ) [CRAN]
 6: RcppEigen (0.3.3.9.3 -> 0.3.3.9.4) [CRAN]
 7: lifecycle (1.0.3 -> 1.0.4 ) [CRAN]
 8: spam (2.9-1 -> 2.10-0 ) [CRAN]
 9: sp (2.0-0 -> 2.1-2 ) [CRAN]
10: SeuratObject (4.1.3 -> 5.0.1 ) [CRAN]

虽然说我这个时候选择了3，默认不要升级如何东西！但是很明显它也不会让我得逞：

 Omitted ‘LazyData’ from DESCRIPTION
─ building ‘SeuratData_0.2.2.9001.tar.gz’

* installing *source* package ‘SeuratData’ ...
** using staged installation
** R
** exec
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
 namespace ‘SeuratObject’ 4.1.3 is already loaded, but >= 5.0.0 is required
Calls: <Anonymous> ... namespaceImportFrom -> asNamespace -> loadNamespace
Execution halted
ERROR: lazy loading failed for package ‘SeuratData’

我机智地放弃了，我现在电脑里面的SeuratObject_4和Seurat_4搭配的非常，并不想被破坏！

[1] uwot_0.1.16 Matrix_1.6-1.1 biomaRt_2.56.1 
 [4] igraph_1.5.1 umap_0.2.10.0 tibble_3.2.1 
 [7] dplyr_1.1.3 RColorBrewer_1.1-3 pheatmap_1.0.12 
[10] ggpubr_0.6.0 ggplot2_3.4.3 SeuratObject_4.1.3 
[13] Seurat_4.3.0.1 viper_1.34.0 Biobase_2.60.0 
[16] BiocGenerics_0.46.0