最近看到了一个博客讨论了细胞类型和细胞状态,详见:https://mbernste.github.io/posts/cell_types_cell_states/,里面提到了Svennson 等人(2021)的预印本研究发现,随着研究人员测量更多的细胞,他们往往会发现更多的“细胞类型”。。。
为什么CD4和CD8的T细胞在单细胞转录组水平本来就很难确定亚群和名字,因为绝大部分已经发表的文章对他们的细分都是依据细胞形态,而不是真正的细胞类型。
比如:T细胞按照功能进行划分,naive, memory ,effector,cytotoxic,Exhaustion,其实他们都可以是CD4和CD8,其中CD4细胞因子产生情况和表面标志物进行分类有Th1,Th2,Th9,Th12,Th22, 可以说是非常复杂了。
另外,推荐两个综述,首先是2023年3月发表的,A reference cell tree will serve science better than a reference cell atlas,其次是2022年7月底发表的 What is a cell type and how to define it?