看到了2023的一个文章：《A senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus》做了正常人和OA病人的软骨（cartilage）和半月板（meniscus）这两个组织部位的单细胞转录组。
数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE220243
很容易整理它们后读取，常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看 ：链接: https://pan.baidu.com/s/1bIBG9RciAzDhkTKKA7hEfQ?pwd=y4eh ，基本上大家只需要读入表达量矩阵文件到r里面就可以使用Seurat包做全部的流程。
可以看到，里面的14和16是免疫细胞，分别是髓系和淋巴系。而12和15是间质细胞，分别是周细胞和内皮细胞。但是17和18是双细胞，这个需要去看qc图里面的它们的文库大小去确定啦。
如果我们去看这些细胞的分布情况， 无论是免疫细胞还是间质细胞，它们几乎是并不在软骨（cartilage）里面存在，仅仅是在半月板（meniscus）里面有！当然了，半月板里面的也是软骨细胞居多啦。
这两种组织有什么区别呢？
软骨（cartilage）和半月板（meniscus）是两种不同的组织，它们在结构、功能和位置方面存在一些区别：
- 结构差异：
- 软骨：是一种结缔组织，主要由软骨细胞（chondrocytes）和细胞外基质（ECM）组成，后者包含大量的胶原纤维和蛋白多糖。软骨没有血液供应，而是通过扩散来获取营养。它在全身多个部位存在，如关节的表面。
- 半月板：是位于膝关节内的一种纤维软骨结构，具有新月形状，由胶原纤维和蛋白多糖构成，具有环形排列的胶原纤维，这使得半月板具有很高的抗拉伸应力能力。
- 功能差异：
- 软骨：其主要功能是减少摩擦、缓冲冲击和保护骨头末端。它覆盖在骨头的关节表面，允许骨头之间的平滑运动。
- 半月板：在膝关节中起到缓冲和稳定作用，它分散膝关节的负荷，减少胫骨和股骨之间的直接接触，提供关节稳定性，并有助于润滑和营养关节。
- 位置差异：
- 软骨：存在于关节的两端，如股骨头、肱骨头等。
- 半月板：特指膝关节中的两块C形软骨，位于股骨和胫骨之间。
- 血液供应：
- 软骨：大多数软骨区域缺乏血液供应，营养主要通过周围关节液的扩散来获取。
- 半月板：其边缘部分（红-红区和红-白区）有血液供应，而中央部分（白-白区）则没有血液供应，主要依赖于滑液的营养。
- 损伤和修复：
- 软骨：由于缺乏血液供应，软骨损伤后自我修复能力有限，损伤往往难以恢复。
- 半月板：由于其血液供应的特点，半月板的边缘部分受伤后有一定的愈合能力，而中央部分的损伤则较难自我修复。
了解这些区别有助于我们更好地理解这些组织在人体中的作用以及它们在受伤时的修复机制。其它软骨（cartilage）的单细胞数据集
在GEO可以看到GSE104782和GSE169454也是取样了软骨（cartilage）后做单细胞转录组， 如果我们下载它们的表达量矩阵文件后走降维聚类分群也是几乎全部是软骨细胞本身。也就是说，因为样品本身的特殊性，导致天然就纯化了目标单细胞亚群。如果是做其它研究的小伙伴，通常是会选择流式细胞仪（Flow Cytometry）这种技术，来纯化特定单细胞亚群。但是流式细胞筛选并不能保证百分百的效率哦，甚至说有时候都达不到50%，后面我们来举例说明哦。