最近一口气diss了4篇单细胞文章，却少有人问津？
首先，感谢交流群的各个小伙伴提供的素材，大概有100多单细胞文献都或多或少有一些“无关痛痒”甚至“致命”的bug，我稍微整理了其中5个文献，有意思的是感兴趣的小伙伴很少很少，而且没有人参与讨论。
难道是畏强权？我当然知道指出来文章里面的“漏洞”肯定是会得罪发表该文章的研究者，但是科研成功本来就是公开的，就不得不经受大众的“严刑拷问”，躲不过去的啊，还不容易积极拥抱这样的看起来很mean的diss啊！
让我们再回顾一下这4个diss文献吧：
### 2024的3月份在Nature Medicine 杂志的文章
标题是：《Single-cell transcriptomic analyses reveal distinct immune cell contributions to epithelial barrier dysfunction in checkpoint inhibitor colitis》，这个文章是发表在2021的预印本的研究，也就是说早在2020左右就已经完成了152个样品的单细胞转录组，那个时候起码还得三四万一个样品，这就是500万人民币的经费在燃烧了。
对应的数据集是：GSE206301，下载它提供的每个样品的表达量矩阵文件和cellranger报表，就会发现每个样品质量都惨不忍睹！
详见：[质量不够就靠数量来凑的顶刊单细胞文章](https://mp.weixin.qq.com/s/5znHdFZ5MXhzaPcSHDiT4Q)
### 2024的 sorted CD45+CD19+ B cells 细分亚群
标题是：《Intratumoral CD38+CD19+B cells associate with poor clinical outcomes and immunosuppression in patients with pancreatic ductal adenocarcinoma》，如果是复现作者的数据分析，可以看到作者定义的 SSR4+ cluster 就很尴尬了其实是流式细胞技术的缺陷让b细胞里面混入了pDC这个单细胞亚群而已。详见：[流式细胞筛选能保证多大程度的细胞亚群纯度呢](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247530430&idx=1&sn=b5b8320a0224486dcbb9e38168281201&scene=21#wechat_redirect)。
详见：[公共数据库验证出来了就是对的吗](https://mp.weixin.qq.com/s/0QIx7m5rQC5eD-0MGZSSnQ)
### 2024的 淋巴管血管侵犯相关肿瘤成纤维细胞
中山大学孙逸仙纪念医院的新鲜出炉的单细胞文章：[PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞通过 ITGA11-SELE 相互作用促进早期癌症的淋巴血管侵袭和淋巴转移](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI1Njk4ODE0MQ==&mid=2247522236&idx=1&sn=26cd6819dfca2c409fd367c7daba6a2c&scene=21#wechat_redirect)，是13个scRNA样本，包括4个癌旁，6个淋巴血管侵犯（LVI）positive，3个LVI negative。对应的数据集是：GSE222315。关注点就是 PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞就是作者的 **编号1的成纤维亚群** ，它确实是可以非常好的区分成为两个单细胞亚群，作者的编号2和3亚群其实就是免疫细胞和上皮细胞，但是因为并不是文章的重点所以这个小瑕疵就无伤大雅了。
详见：[如果你定位到了个不纯粹的单细胞亚群](https://mp.weixin.qq.com/s/K79Rse6Lg3SOqKJSZr8Anw)
### 2024的软骨（cartilage）组织的单细胞转录组
文章：《Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration》，它对应的数据集是：GSE255460 ，详细的解读见：[样品分组都弄错了，数据分析结论还可靠吗](https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247530287&idx=1&sn=482a42bb7575e977116088b571321141&scene=21#wechat_redirect)。文章定义的InfC可能是巨噬细胞和t细胞等免疫细胞，而preInfC可能是成纤维和内皮细胞周细胞等间质细胞。
详见：[在本来就不应该存在某单细胞亚群的实验中发现了它？](https://mp.weixin.qq.com/s/Tw5ZkJfx2jJOh7_TggBwtQ)