前面我们通过案例：为什么半月板有少量免疫细胞而软骨里面没有呢，说明了无论是免疫细胞还是间质细胞，它们几乎是并不在软骨（cartilage）里面存在，仅仅是在半月板（meniscus）里面有！
但是如果我们回顾一下2024年1月的文章：《Unveiling inflammatory and prehypertrophic cell populations as key contributors to knee cartilage degeneration in osteoarthritis using multi-omics data integration》，它对应的数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE255460 ，详细的解读见：样品分组都弄错了，数据分析结论还可靠吗。同样的第一层次降维聚类分群可以看到这里面是有免疫细胞和间质细胞的：

但是如果是载入作者定义好的单细胞亚群命名信息 ：

这个是作者的主要的数据分析结论：

• 33 cell population-specific marker genes that define 11 chondrocyte populations, including 9 known populations
• 2 new populations, that is, pre-inflammatory chondrocyte population (preInfC) and inflammatory chondrocyte population (InfC).
  文章定义的InfC可能是巨噬细胞和t细胞等免疫细胞，而preInfC可能是成纤维和内皮细胞周细胞等间质细胞。
  但是我们前面介绍的案例：为什么半月板有少量免疫细胞而软骨里面没有呢，说明了无论是免疫细胞还是间质细胞，它们几乎是并不在软骨（cartilage）里面存在，仅仅是在半月板（meniscus）里面有！而这个2024的研究的数据集GSE255460就是来源于软骨（cartilage），理论上不应该是有免疫细胞和间质细胞。
  从它们的细分亚群也可以看到：
  
  前面我们分享了在单细胞转录组降维聚类分群的第一层次降维聚类分群后的，每个单细胞亚群细分的时候，是有 单细胞亚群的生物学命名的4个规则，如下所示 ：
• 第一个规则：已知的生物学亚群
• 第二个规则：顺序编号加上特异性高表达量基因
• 第三个规则：生物学功能注释
• 第四个规则：转录因子等基因集特异性亚群（更多的生物学功能数据库）
  

  是免疫细胞呢还是炎症性的软骨细胞呢

  如果是坚持取样里面的应该是百分百的软骨，所以发现了表达免疫细胞标准基因的单细胞亚群那么就命名为 （炎症性的软骨细胞）inflammatory chondrocyte 是没有问题的，而且确实是湘雅医院雷光华团队的2023的手部骨关节炎单细胞转录组研究的主要结论就是揭示了一个新的软骨细胞亚群，炎症性软骨细胞（InflamC）。总体来说，他们的单细胞转录组数据经过严格筛选 ，从105,142个细胞中识别出13个 细胞亚群。这些亚群通过无监督聚类方法鉴定，并进行了功能性注释。

• EC effector chondrocytes
• preHTC prehypertrophic chondrocytes
• RegC regulatory chondrocytes
• preFC prefibrocartilage chondrocytes
• FC fibrocartilage chondrocytes
• HTC hypertrophic chondrocytes
• InflamC inflammatory chondrocytes
• MTC mitochondrial chondrocytes
• HomC homeostatic chondrocytes
• CPC cartilage progenitor cells
• Mac macrophages
• EndC endothelial cells
  这个炎症性软骨细胞（InflamC）的定义过程是： Clusters 13 and 14 were grouped as a novel subpopulation (inflammatory chondrocytes, InflamC) according to their distinct expression of genes related to the inflammatory response, immune system process and immune response, i.e., CCL20, CCL2, NOS2, and MMP3
  
  但是，湘雅医院雷光华团队的单细胞转录组表达量矩阵并不是公开的，所以没办法去进行交叉验证了哦！