刷到了一个2022的巨噬细胞相关的单细胞综述文章：《Macrophage diversity in cancer revisited in the era of single-cell omics》，这篇综述文章深入探讨了肿瘤相关巨噬细胞（Tumor-Associated Macrophages, TAMs）的单细胞亚群，并根据其特征基因、富集通路及潜在功能，将TAMs分为7个不同的亚群。

如下所示：

1. IFN-TAMs（干扰素诱导TAMs）

• 高表达IFN调控基因，如CXCL10、PDL1和ISG15。
• 类似M1样巨噬细胞，但表现出免疫抑制功能。
• 高表达免疫检查点分子PD-L1和IDO。

2. Reg-TAMs（免疫调节型TAMs）

• 与替代性激活的巨噬细胞ARG1、MRC1及CX3CR1高度表达相似。
• 可能具有免疫抑制功能，但具体功能需进一步研究。

3. Inflam-TAMs（炎症细胞因子富集型TAMs）

• 表达炎性细胞因子，如IL1B、CXCL1/2/3/8、CCL3和CCL3L1。
• 在肿瘤相关炎症反应中可能起招募和调控免疫细胞的作用。

4. Angio-TAMs（促血管生成型TAMs）

• 高表达血管生成标志，如VEGFA和SPP1。
• 可能在肿瘤进展中通过促进血管生成和转移发挥作用。

5. LA-TAMs（脂质相关TAMs）

• 表达脂质相关基因，如APOC1、APOE、ACP5和FABP5。
• 可能在抗肿瘤免疫反应中表现出主动抑制作用。

6. RTM-TAMs（组织驻留型TAMs）

• 类似正常组织驻留巨噬细胞，表达LYVE1、HES1和FOLR2。
• 在肿瘤侵袭和进展中可能发挥促进作用。

7. Prolif-TAMs（增殖型TAMs）

• 特征基因是增殖标志物Ki-67 (MKI67)和细胞周期基因。
• 可能具有促炎功能，并在肿瘤进展中发挥作用。

其实绝大部分数据集无法拿到全部的肿瘤相关巨噬细胞亚群

但是大概率是可以拿到下面的3种：

• FOLR2高表达的RTM-TAMs（组织驻留型TAMs），
• SPP1高表达的 Angio-TAMs（促血管生成型TAMs），
• IL1B高表达的Inflam-TAMs（炎症细胞因子富集型TAMs）。

以及干扰素特异性的，增殖性的，其实 不同单细胞转录组数据集的降维聚类分群其实都会有 热激蛋白的亚群，细胞增殖亚群，干扰素亚群，金属离子酶亚群，线粒体或者核糖体亚群，或者低质量亚群…

我们之前就分享过：【巨噬细胞新分类体系（放弃传统M1和M2）】，一切都是数据结果合理的挑选和解释而已。大家在自己的单细转录组数据降维聚类分群的时候也可以看到CXCL9 and SPP1的排他性，跟前面提到的TREM2联合SPP1去和FOLR2基因的排他性类似的。另外，我们通常是并不会选择提高分辨率这个手段来获取精细的单细胞亚群，而是取巨噬细胞子集后，继续进行降维聚类分群后再命名的策略。参考: 取单细胞亚群子集细分的时候一定会出现干扰亚群（所以不要惊慌）， 这样的话你就可以看到细胞亚群里面的混杂因素，而且可以手动删除到干扰因素。

之前我在生信技能树视频号直播一个文章的单细胞转录组数据（GSE208706）处理，文章是：《Amphiregulin from regulatory T cells promotes liver fibrosis and insulin resistance in non-alcoholic steatohepatitis》，就是基本的降维聚类分群而已，几分钟就搞定了，里面也有巨噬细胞的细分情况。