专注于高通量测序数据处理的生物信息学书籍推荐

前面我们介绍了:专注于多组学数据处理的生物信息学书籍推荐,大家纷纷留言表示没想到生物信息学的系统性资料居然可以这么早,2011年那个时候国内基本上成规模的测序相关科研服务公司都没有。。。。
当然了也有人推荐了一个同款2011的书籍:《Bioinformatics for High Throughput Sequencing》,这本书籍的目录表明它专注于高通量测序(High-Throughput Sequencing, HTS)技术及其在生物信息学中的应用。以下是对书籍内容的整理和介绍:

  1. 引言(Introduction)
    • 由Naiara Rodríguez-Ezpeleta和Ana M. Aransay撰写,可能涉及书籍的总体目标、重点和高通量测序技术的基本概述。
  2. 测序技术平台概览(Overview of Sequencing Technology Platforms)
    • Samuel Myllykangas, Jason Buenrostro, 和Hanlee P. Ji介绍不同的测序技术平台,可能包括它们的工作原理、优缺点和应用场景。
  3. 高通量测序的应用(Applications of High-Throughput Sequencing)
    • Rodrigo Goya, Irmtraud M. Meyer, 和Marco A. Marra探讨高通量测序技术在研究和临床上的应用。
  4. 高通量测序的计算基础设施和基础数据分析(Computational Infrastructure and Basic Data Analysis for High-Throughput Sequencing)
    • David Sexton讨论了处理高通量测序数据所需的计算资源和基础分析方法。
  5. 生物信息学家的碱基呼叫(Base-Calling for Bioinformaticians)
    • Mona A. Sheikh和Yaniv Erlich解释碱基呼叫的概念,这是测序数据分析的关键步骤。
  6. 短读序列的去 novo 组装(De Novo Short-Read Assembly)
    • Douglas W. Bryant Jr. 和Todd C. Mockler讨论如何从短读序列数据中创建新的序列组装。
  7. 短读序列比对(Short-Read Mapping)
    • Paolo Ribeca介绍将短读序列数据映射到参考基因组的方法。
  8. DNA-蛋白质相互作用分析(ChIP-Seq)
    • Geetu Tuteja解释如何使用ChIP-Seq技术研究DNA-蛋白质相互作用。
  9. 全基因组DNA甲基化图谱的生成和分析
    • Martin Kerick, Axel Fischer, 和Michal-Ruth Schweiger讨论DNA甲基化图谱的生成和分析方法。
  10. RNA测序(RNA-Seq)数据的差异表达分析
    • Matthew D. Young等人介绍RNA-Seq数据的映射、汇总、统计分析和实验设计。
  11. MicroRNA表达谱分析和发现
    • Michael Hackenberg讨论MicroRNA的表达谱分析和新MicroRNA的发现。
  12. 通过CLIP-Seq数据的综合分析剖析剪接调控网络
    • Michael Q. Zhang探讨如何使用CLIP-Seq数据来研究剪接调控网络。
  13. 宏基因组数据的分析(Metagenomics Data Analysis)
    • Elizabeth M. Glass和Folker Meyer介绍宏基因组学数据的分析方法。
  14. 高通量测序数据分析软件:当前状态和未来发展
    • 讨论当前高通量测序数据分析软件的状态和未来的发展方向。
      这本书籍为读者提供了高通量测序技术的全面介绍,从基本概念到复杂的数据分析方法,适合生物信息学、基因组学和相关领域的研究人员和学生阅读。书籍内容可能包括最新的测序技术、数据分析工具和软件,以及如何设计和执行高通量测序实验。
      大家可能是注意到了上面的2011的书籍:《Bioinformatics for High Throughput Sequencing》其实是有一个章节是咱们中国人负责的,就是Michael Q. Zhang教授!

      关于Michael Q. Zhang

      Michael Q. Zhang教授是国际权威的计算生物学和基因组学研究专家,他是最早致力于利用计算生物学方法解码基因组信息的科学家之一。他早期的成就包括开发了第一个人类基因和启动子的预测算法。他利用DNA芯片分析酵母动态基因表达和细胞周期调控的工作开创了计算功能基因组学的新时代。2013年,Michael Q. Zhang教授和汤超教授共同作为Editors-in-Chief创办了Quantitative Biology期刊。Michael Q. Zhang教授目前任职于德克萨斯大学达拉斯分校,是该校教授和Cecil H. and Ida Green Distinguished Chair of Systems Biology Science。在此之前,他曾在冷泉港实验室(CSHL)的沃森生物科学学院担任教授多年,还担任清华大学兼职教授、杰出客座教授及北京大学定量生物学中心的学术委员会主任。
      谷歌学术主页是:https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=W1Ytj3QAAAAJ&view_op=list_works
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      Michael Q. Zhang教授于1977年考入中国科学技术大学学习机械工程。1981年,在李政道先生发起和组织的CUSPEA项目资助下,他到美国罗格斯大学师从Joel Lebowitz教授研究非平衡统计物理学。在此期间,他访问了哈佛大学的Author Jaffe教授,并学习了SUSY(Supersymmetry)场论。1987年,他在Jerry Percus教授的指导下进行非均匀流体模型的密度或熵泛函的博士后研究,随后在纽约大学Courant研究所与Peter Lax教授进行可积系统研究。
      目前是德克萨斯大学达拉斯分校的系统生物学中心主任:https://profiles.utdallas.edu/michael.zhang

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