affymetix的基因表达芯片数据差异基因分析

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我主要是看了一个差异分析的教程，讲的非常详细，全面，我先简单列出这个教程，然后再贴出我的代码

GEO本来只有三种层级的数据，分别是Sample, Platform, and Series
现在共有14,927 platforms，包括主流的affymetrix，agilent，illumina等产商的芯片，以及它们在不同领域的应用（snp，snv，gwas等等），以及各种不同的生物体（人，小鼠，大鼠）
这个分析流程，仅仅针对于affymetrix公司的基因表达相关的芯片数据。
目录如下：
因为他也是转载，所以链接失效了，现在的链接如下：
其实根据目录名重新搜索肯定能得到内容的， 链接失效太正常了。
具体内容，我整理并且重新注释了以下，在有道云笔记里面。
基本上只需要用心看这个教程，都能上手芯片数据的差异分析，但这只是差异分析的一种方法而已，而且还是非常过时的方法。
现在比较流行DESeq，edgeR等高通量测序的差异分析包，即使是十几年前的芯片数据，也不需要下载cel那种数据，可以直接下载每个项目的表达量矩阵Series Matrix File(s)
然后在R里面用read.table，调整好参数就可以直接读取啦！

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