3-4-5分别就是孩子、父亲、母亲

我对每个个体取他们的四种软件的公共snp来进行分析，并且只分析基因型，看看是否符合孟德尔遗传定律

结果如下：

粗略看起来好像很少不符合孟德尔遗传定律耶

然后我写了程序计算

总共127138个可以计算的位点，共有18063个位点不符合孟德尔遗传定律，而且它们在染色体的分布情况如下

我检查了一下，不符合的原因，发现我把

chr1 100617887 C T:DP4=0,0,36,3 T:1/1:40 T:1/1:0,40:40 miss T:DP4=0,0,49,9 T:1/1:59 T:1/1:0,58:59 miss T:DP4=0,0,43,8 T:1/1:53 T:1/1:0,53:53 T:1/1:50

计算成了chr1 100617887 C 0/0 0/0 1/1 所以认为不符合，因为我认为只有四个软件都认为是snp的我才当作是snp的基因型，否则都是0/0

那么我就改写了程序，全部用gatk结果来计算。这次可以计算的snp有个176036，不符合的有20309，而且我看了不符合的snp的染色体分布，Y染色体有点异常

但是很失败，没什么发现！