这个包跟GEOquery区别不是很大，只不过一个是正对NCBI的GEO数据库，一个是针对EBI的arrayexpress数据库，只有对写自动化脚本的人来说才有需求，一般个人分析者都是自己去数据库主页里面查找，然后拿到下载链接，一个个下载。

从EBI的arrayexpress数据库里面下载芯片数据：

主页：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/

update to 2016-3-1 11:41:27

63890 experiments

1912744 assays

40.53 TB of archived data 数据量还是蛮大的

所有的data，都可以在ftp服务器里面下载：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/arrayexpress/data/experiment/BUGS/

根据ID号很整齐的储存着。

也可以用一个R语言包：ArrayExpress R package

说明书；https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ArrayExpress/inst/doc/ArrayExpress.pdf

这个包来自于文献：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2723004/

2009年，那个时候R语言用的人很少，这个简单的包都可以发文章，现在看来简直不可思议！

其实大部分数据都是跟GEO数据库对应的：比如https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-GEOD-55645/  对应于：GEO - GSE55645

比如对NASH表达数据查找：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/search.html?query=NASH++expression  30条结果里面只有4条是arrayexpress数据库独有的！

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("ArrayExpress")

library(ArrayExpress)

网页搜索功能：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/search.html?query=NASH++expression+Homo+sapiens

如果用R语言，搜索如下：

可以用sets = queryAE(keywords = "NASH+expression", species = "homo+sapiens")

效果是一样的！

下载数据用：

back = getAE("E-MEXP-3291")

下载其实也就是里面存储了链接，直接调用R语言的下载函数即可！

一般没必要下载原始测序文件，直接用下面这个函数就可以得到一个数据对象，可以直接得到表达矩阵和实验的metadata