前面讲到affy处理的芯片平台是有限的，一般是hgu 95系列和133系列，[HuGene-1_1-st] Affymetrix Human Gene 1.1 ST Array这个平台虽然也是affymetrix公司的，但是affy包就无法处理 了，这时候就需要oligo包了！

oligo包是R语言的bioconductor系列包的一个，就一个功能，读取affymetix的基因表达芯片数据-CEL格式数据，处理成表达矩阵！！！

同理，我们也是要下载原始数据：一个例子：GSE48452

下载之后，解压到指定目录，就可以直接用oligo包啦！

geneCELs=list.celfiles('/path/GSE48452/cel_files/',listGzipped=T,full.name=T)

#用全路径，一般cel文件也是压缩包形式，没必要解压

affyGeneFS <- read.celfiles(geneCELs)  ##读取ｃｅｌ文件

geneCore <- rma(affyGeneFS, target = "core")　 ##这一步是normalization，会比较耗时

genePS <- rma(affyGeneFS, target = "probeset")

#两种normlization的方法，##一般我们会选择transcript相关的

## 这个芯片平台还需要自己把探针ID赋值给表达矩阵

featureData(genePS) <- getNetAffx(genePS, "probeset")

featureData(geneCore) <- getNetAffx(geneCore, "transcript")

## 探针ID还需要注释到基因ID，这里就不讲了！

处理之后得到的表达矩阵应该是与GEO官网的一致，大家可以自己对照检查一下：

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE48nnn/GSE48452/matrix/GSE48452_series_matrix.txt.gz