今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍，本文是第二篇，讲的是肿瘤信息学这个热点。本文分为四部分，第一部分主要介绍TCGA数据下载和整理等方面的内容；第二部分主要介绍肿瘤研究领域一些重要的知识；第三部分为一些比较实用的方法和资讯方面的内容；最后一部分为问答区。如果你很感兴趣，请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得，欢迎你在对应的区域发帖，帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)

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（2017.12.15）
第一节
关于TCGA数据下载，我能说的就是这些了
迄今最方便的TCGA数据下载、整理及分析工具
标准TCGA大文章需要哪些数据？[赠重磅资料]
TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据01
TCGA大作战——初步分析RNA-seq数据02
TCGA的metadata简介
TCGA前期数据处理小总结
TCGA数据新的下载方法
TCGA数据批量下载与整理
如何将TCGA下载的基因表达数据整合到一个文件
TCGA documentation翻译
TCGA表达批量做生存分析—菜鸟视野
分析TCGA的breast cancer的LNC-RAN聚类—需要下载TCGA原始数据的权限
从TCGA里面找免疫组库的数据-需要下载TCGA原始数据的权限
把TCGA的一个癌种的6种数据做出一个数据库
一个很有趣的工具-TCGA2BED-可以从TCGA数据库提取数据成bed格式
只研究TCGA里面的chromatin regulatory factors系列基因

不是所有的TCGA样本都有药物处理信息

第二节
一个通过文献注释基因功能的数据库【Gene RIF】
癌症变异位点的临床解释数据库大全
pan-cancer project 值得关注
一款癌症研究试剂盒是如何研发的
做一个癌症相关基因检测产品需要什么
做一个肿瘤易感基因检测产品需要什么
肿瘤研究领域必须知道的词
肿瘤及其免疫微环境分析
肿瘤信息学系列一：RNA-seq分析基本流程 -未完待续
肿瘤突变位点临床解读：Clvic 数据库简单探究
只要是按照primary site来定义的肿瘤都是可以进行分子分型
找一个乳腺癌里面表达上调的基因，然后看看其它所有基因
一个TCGA大计划的流程是怎么样的
TCGA包含了美帝的20多个顶尖的研究所，你知道在哪里吗

必须要了解的美国国立综合癌症网络NCCN

第三节
根据PubMed ID批量提取文献摘要
画某个基因在GBM的subtype的表达量区别图
70个Chromosomal instability (CIN)相关基因的表达作为癌症预后marker
除了看gene的表达量，还可以具体看它们的isoform的表达量
用CMAP来辅助你做药物研究-探索药物，表达，表型的关系
都2017年的还可以继续灌TCGA的signature这样的水文章

RNA-seq Normalization方法及DEG分析软件的选择

问题区
TCGA数据基础下载问题
TCGA中miRNA数据的提取
TCGA中提取lncRNA
TCGA提取差异lncRNA
TCGA基础问题
关于TGCA生存时间的问题
关于TCGA数据数据库中RNA-seq的问题
GDC中下载文件名和临床信息对应关系
请教关于TCGA数据的问题
不能成功安装Rtools
survivalROC这个包如何输出其p value和95%置信区间呢