今天我们继续对论坛研究热点版块进行介绍，本文是第三篇，讲的是芯片处理这个热点。本文对热点的内容简单分了下类。如果你很感兴趣，请不要错过下文这些精彩的内容哦。若你想分享自己的学习资源和学习心得，欢迎你在对应的区域发帖，帮助更多对这部分内容感兴趣的人。:)
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（2017.12.15）
第一节
生物芯片实验流程介绍
芯片基础知识打卡
表达芯片数据预处理四部曲-N,T,B,Q
芯片数据处理高手教程—biostar经典帖子系列
表达芯片跟mRNA-seq数据比较（一）
表达芯片跟mRNA-seq数据比较（二）
表达芯片跟mRNA-seq数据比较（三）
芯片数据分析【第一讲：GEO，表达芯片与R】
芯片数据分析 【第二讲：从GEO下载数据得到表达量矩阵】
芯片数据分析 【第三讲：对表达量矩阵用GSEA软件做分析 】
芯片数据分析【第四讲：根据分组信息做差异分析】
芯片数据分析 【第五讲：对差异基因结果做GO/KEGG超几何分布检验富集分析】
芯片数据分析 【第六讲：指定基因分组boxplot指定基因list画热图】
芯片数据分析【第七讲：获取string数据库的PPI网络数据】
芯片数据分析【第八讲：PPI网络数据用R或者cytoscape画网络图】
芯片数据分析 【第九讲：网络图的子网络获取 】
芯片数据分析 【第十讲：如何找hug genes】
【R处理芯片数据】—总结
第二节
illumina的Omni系列芯片进化史
用illumina的官方软件来处理它的基因型芯片数据-idat文件
illumina的bead系列表达芯片数据处理
illumina的450K芯片的beta值含义及计算方法
Illumina HumanMethylation450 BeadChip (甲基化450k芯片) 预处理初探
HTA1.0,HTA2.0,MTA1.0这些基于exon设计的芯片找lncRNA
Affymetrix HTA 2.0 microarray可能是优于Illumina 2000 RNA-seq
illumina的bead 系列表达芯片扫盲
illumina芯片的raw signal intensity data from the *.idat files
用illuminaio包来处理illumina的IDAT文件
illumina的基因型芯片是一种全新的数据表示方式
基因表达芯片数据分析——Agilent
拷贝数芯片分析的一个例子
affymetrix跟illumina芯片的raw data标准不一样
affymetrix出品的傻瓜式软件
基因表达谱芯片数据分析及其Bioconductor实现
常见的芯片数据都可以在bioconductor里面找到注释包
Bioconductor 分析基因芯片数据
limma是最经典的差异分析软件
一个芯片平台的所有测序数据可以总结成一个包
用R包crlmm来分析Affymetrix SNP 5.0 and 6.0 and Illumina arrays
用R包argyle来分析illumina的基因型芯片
第三节
DESeq2包的系统学习
5行代码搞定GEO学习总结版，全程无尿点
GSEA富集分析的图片重新绘制
我竟然从来没有用过芯片公司自己的分析软件
学习birdseed软件来处理snp6.0芯片数据
各种基因型芯片的异同点
SNP基因分型之基因芯片
精准医疗研究芯片的SNP芯片
多个芯片数据整合成TNBC的587个样本数据集
芯片的CNV分析并非易事
表达芯片的QC指导
KO掉Klf5 基因对ESC分化的影响
有很多已经按照芯片平台处理好的表达量数据可以直接分析
多个芯片数据整合分析-跨平台
比较两个不同实验差异基因分析的结果并发表文章
第四节
affymetrix的表达芯片，为什么一个基因对应多个探针
一个GSE里面有3种芯片平台数据该如何处理呢
年龄和性别对脑部基因表达的影响
比较一种疾病状态需要跟42种正常组织进行比较
不同芯片平台的表达数据能否综合起来分析呢
在ESCs和PGCs不同细胞系里面KO掉Tcfap2c造成的影响区别
剂量效应的差异分析如何下结论呢
H3K27ac和H3K4me1两个组蛋白marker在ESC和NPC里面的变化区别
除了官网manifest，还有什么芯片ID转换更权威的组织
芯片需要全面转换为高通量测序吗
你的基因测序结果给了你什么好玩的结论
表达谱芯片报告内容有哪些
多个study芯片数据合并的一个例子
InSilico 和 virtualArray 这两个 Bioconductor 哪个更适合合并芯片
如何合并多个study的芯片数据呢
2011年的nature就测了一千多个脑部组织样品表达芯片
用到了最新款850K甲基化芯片数据的文章推荐
miRNA芯片研究知多少
【 读文献】2013年新加坡A*star用illumina-HGv4芯片做的信号通路
多组学数据联合是趋势
求助Affymetrix芯片数据分析
芯片数据做差异分析的一点疑问，关于预处理和探针注释