100篇泛癌研究文献解读之lincRNA的生存分析情况

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为了分析不同类型、组织起源肿瘤的共性、差异以及新课题。TCGA于2012年10月26日-27日在圣克鲁兹，加州举行的会议中发起了泛癌计划。参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6000284/ 为此我也录制了系列视频教程在：TCGA知识图谱视频教程（B站和YouTube直达）
本研究发表在：EBioMedicine. 2016 May; 题目是：Pan-Cancer Analyses Reveal Long Intergenic Non-Coding RNAs Relevant to Tumor Diagnosis, Subtyping and Prognosis. 研究人员下载了12种癌症的共1200病人的RNA-seq的测序数据的bam文件，然后走自己的流程针对lincRNA进行定量。
文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

分癌症进行差异分析

这里研究者选取最常见的DEseq2这个R包，如下：
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具有组织表达特异性的lincRNA在癌症里面差异被弱化

首先可以看到不同组织的lincRNA表达差异足够把它们区分开来：
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然后可以看到，同样的lincRNA对肿瘤进行PCA的时候，区分程度就没有那么好了：
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根据JS值也可以看到lincRNA具有组织表达特异性，相当于蛋白编码基因来说，效应非常明显。
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不同分类的异质性比较

与lincRNA类似，其它数据也可以来进行肿瘤内部区分亚型，但是它们的分类效果是具有一致性的，可以用卡方检验，如下：
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与PAM50的比较

可以看到，针对lincRNA表达矩阵对TCGA计划的BRCA进行分类，与PAM50的重合度非常高！
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在使用癌症表现一致的lncRNA

如下图：
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这6个lincRNA在不同癌症的上下调表现一致。其中3个序列是高度同源。
然后也使用了GEO数据库验证这6个lincRNA在不同癌症的表现。

后记

从流程图来看，本研究并不复杂，也很容易复现出来，后面我们会在GitHub公布数据复现的代码。
本文献解读属于100篇泛癌研究文献系列，首发于：http://www.bio-info-trainee.com/4132.html

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