通常，基因融合会产生基因融合转录本和嵌合蛋白产物，它们已被用作治疗的靶标。众所周知的例子是靶向BCR-ABL1基因融合的格列卫（Imantinib）和靶向EML4-ALK基因融合的克唑替尼。所以很多癌症研究是关于融合基因的，比如发表在3分杂志：Cancer Biol Ther. 2014; 题目是：Recurrent FGFR3-TACC3 fusion gene in nasopharyngeal carcinoma. , 值得注意的是 FGFR3-TACC3 的基因融合事件，非常出名的！ 大家随便搜索一下就知道，好几个CNS文章报道过它，在TCGA的融合基因数据库也可以搜索到它，存在于多种癌症。

RNA-seq测序

因为早期发表在6分杂志：J Pathol. 2013 Oct; 已经提到了其实验室的C666-1细胞系有UBR5-ZNF423 基因融合事件，所以本研究作者加上了那已经发表的两个细胞系，以及自己医院的12个病人，一起进行RNA-seq测序。
Paired-end libraries (n = 14) including NPEC2, C666-1, and 12 NPC tissues were prepared according to the protocol provided by Illumina (San Diego, CA, USA) with the mRNA-seq Sample Prep Kit (Illumina).
有趣的是作者选择hg18参考基因组，而且是自己写perl脚本来找基因融合事件。跟他们J Pathol. 2013 Oct;的文章分析流程完全不一样，不同的实验室不同的风格。

数据分析结果

作者并没有详细说明为什么从分析结果里面，仅仅是选择 FGFR3-TACC3 的基因融合事件.

a gene fusion between exon 18 of FGFR3 and exon 6 or exon 14 of TACC3 and agene fusion between exon 19 of FGFR3 and exon 11 of TACC3

实验验证FGFR3-TACC3 的基因融合事件

没有看到复杂的实验，仅仅是 Identification of the fusion breakpoint using Sanger sequencing.
科学历史上通过染色体显带技术发现了第一个基因融合体。可用于检测基因融合的其他技术包括荧光原位杂交（FISH），Southern印迹，比较基因组杂交（CGH），PCR和基于染色体重排的全基因组测序。目前微阵列技术和下一代测序的发展已导致发现大量的基因融合和嵌合RNA，在各式各样的数据库里面都可以搜索到。

人群队列验证

(qRT-PCR) with specific primers for exon 17 of FGFR3 and the 3′-UTR of TACC3 and found the existence of FGFR3-TACC3 in 4 of 159 NPC patients (2.5%).
因为是中山大学的附属医院，所以病人样本是不缺的，不仅仅是159个NPC病人在验证，还跨越了其他癌症病人一起检测FGFR3-TACC3 的基因融合事件。其实后来我们看TCGA数据库就好了，因为这个基因融合事件确实比例很高。

FGFR3-TACC3 的基因融合事件的功能说明

体外实验蛮多的：
In addition, we showed that the FGFR3-TACC3 fusion gene promotes cell proliferation, colony formation, and transforming ability in vitro, whereas the FGFR3-TACC3 K508M mutant or treatment with the FGFR inhibitor PD173074 abrogates these effects, suggesting that FGFR3-TACC3 most likely exerts its effects through activation of FGFR kinase activity.
目前最高级的实验应该是做出动物模型吧，比如基因融合，DNAJB1-PRKACA是染色体节段缺失的结果。现在已被认为是纤维状层状肝细胞癌（FL-HCC）的生物标志物，并且通过CRISPR / CAS9将这种缺失引入成年小鼠肝脏可以成功产生Dnajb1-Prkaca基因融合，并有效诱导类似于纤维状层状肝细胞癌的肿瘤。

可能是临床靶标

Taken together, our data demonstrated the oncogenic role of FGFR3-TACC3 in vitro, indicating that FGFR3-TACC3 may be useful as a diagnostic marker and therapeutic target in cancers.

假如2013就有TCGA融合基因数据库

而且你又会用，是不是就省了很多科研经费了，不需要耗时耗力收集不同癌症病人检测FGFR3-TACC3 的基因融合事件。
这可能就是我们学习数据挖掘的意义吧，而不仅仅是灌水发文章，把技术应用在自己的科研实际场景里面。
参考文献：2019 Aug 30. doi: 10.1016/j.gendis.2019.08.002