不知不觉两年多过去了，最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划，其中一个小成果是：生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策我一年多了，还没有把它整理成为出版级别的质量，我也不知道为什么，也不知道问题出在哪里。（总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了，我也很无语）

• 前言
  • 致谢
• 作者简介
• 1 数据产生
  • 1.1 芯片技术
  • 1.1.1 三大芯片制造商
  • 1.1.2 表达谱芯片
  • 1.1.3 基因分型芯片
  • CNV芯片
  • 1.1.4 甲基化芯片
  • 1.1.5 miRNA芯片
  • 1.2 一代测序技术
  • 1.3 二代测序技术
  • 1.3.1 NGS先行者：454及其序列数据
  • 1.3.2 渐行渐远：SOLiD及其序列数据
  • 1.3.3 一家独大：illumina 及其数据
  • 1.4 2.5代测序:Ion Torrent
  • 1.5 三代测序
  • 1.5.1 异军突起的pacbio
  • 1.5.2 长到天际的Nanopore
• 2 数据存放类型
  • 2.1 FASTQ
  • 2.2 FASTA
  • 2.3 SAM格式
  • 2.4 BAM 格式
  • 2.5 VCF
  • 2.6 GTF和GFF
  • 2.7 GenePred
  • 2.8 BED
  • 2.9 MAF
  • 其它格式
• 3 生物信息学数据库资源
  • 3.1 基因ID
  • 3.2 参考基因组版本
  • 3.3 NCBI
  • 3.4 Ensembl
  • 3.5 UCSC
  • 3.6 ENCODE
  • 3.7 GENCODE
  • 3.8 TCGA
  • 3.9 1000 GENOME
• 4 统计及可视化
  • 4.1 描述性统计量
  • 4.2 概率相关
  • 4.3 估计
  • 4.4 相关性分析
  • 4.5 第五节 常用统计方法
  • 4.5.1 差异分析
  • 4.5.2 生存分析
  • 4.5.3 主成分分析
  • 4.5.4 进化树
  • 4.6 常用可视化工具
  • 4.6.1 在线工具
  • 4.6.2 R绘图系统
  • 4.7 可视化举例
  • 4.7.1 表达矩阵可视化大全
  • 4.7.2 转录本结构图
  • 4.7.3 reads覆盖图
  • 4.7.4 其它
• 5 计算资源及编程
  • 5.1 硬件配置
  • 5.2 软件安装
  • 5.2.1 二进制软件(预编译版本) {soft-binary}
  • 5.2.2 源码软件 {soft-source-code}
  • 5.2.3 系统自带软件中心 {soft-repositories}
  • 5.2.4 conda软件管理 {soft-conda}
  • 5.2.5 语言类软件（模块、包） {soft-packages}
  • 5.3 环境变量
  • 5.4 编程语言
  • linux的shell
  • R
  • perl
  • python
  • R包安装终极解决方案
  • perl模块终极解决方案
  • Python包安装的小结
• 6 生物学基础知识
  • 6.1 中心法则
  • DNA 与 复制
  • RNA 与 转录
  • 蛋白质基础
  • 6.2 组学
  • 基因组
  • 转录组
  • 表观组
  • 微生物组
  • 蛋白质组
  • 代谢组