2020年开局有点难,不知道是天灾还是人祸的新冠病毒疫情打的中小企业是措手不及。我五年前在深圳的同事,又在华大工作了三年,好不容易才找到机会回到家乡小城市且找到生信对口工作,兢兢业业工作了两年。贷款买房,结婚生子,昨天初为人父的他接到老板电话说要砍掉一半的工资,基本上等于变相逼他离职了。
总不能坐以待毙,响应国家号召,积极自救,有手艺的总不会被饿死,日子还得过下去。他和当初华大离职的另外4个小伙伴组成项目小分队,在病毒肆虐的上半年,在我们生信技能树平台广而告之,推出“底裤价”数据分析服务,(客户自己测序数据或者测下+分析模式)提供各个生物信息学领域的标准化+个性化定制服务。
从时间线上大家可以看到这个项目小分队工作经验是毋容置疑的,也是五六年的数据分析底蕴,而且团队成员擅长不同的方向可以互补,基本上加起来相当于一个我了!而且作为他们的多年好友,我会毫不犹豫的从技术上支持他们,提供全面的技术支持。大家以前希望我帮忙做数据分析项目,我一而再再而三的拒绝了,说实话看着粉丝失望的眼神我也不于心不忍,但确实是自己有更重要的事情,我又不缺柴米油盐,没有养家糊口和房贷压力。你们出的那些费用只能是购买普通人的时间,现在机会来了,疫情是危机,也蕴藏着机遇,你以前求而不得的生信工程师点对点服务,现在白菜价就可以抢到了!
首先推出的是单细胞转录组数据分析服务,底裤价 最低 2000 一个10X样本哦:
| 样本数量 | 单价/样 |
| :------- | :------ |
| 1-5 | 2500 |
| 6-10 | 2300 |
| 大于10 | 2000 |
当然了,很大概率上,你的项目是不会有大于10个的10X单细胞转录组样本的,毕竟搞一个10X单细胞转录组样本保底耗费3万块钱,分析一下,他们收费2000~2500,绝对是良心价了,先到先得哈。
标准分析
1.Cellrange标准分析
- 各个样本测序数据基本质控(reads数、测序饱和度等)、
- 数据比对(细胞数目统计、reads基因组比对率等)、基因表达定量
因为10X原始数据较大,所以需要硬盘邮寄,主要是给你跑我们以前在单细胞天地分享过的上游流程,包括:
- 单细胞实战(一)数据下载
- 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
- 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探
- 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览
- 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果
而且如果你的10X单细胞转录组样本做的比较早,很可能是过时的流程和数据分析方法, 也可以考虑让我们重新分析一遍作为验证,我们以前也分享过:Cell Ranger 3.0 VS 2.0做了哪些改动(10x数据上游分析神器),大家可以查看单细胞天地 2019-04-05的推文。
2.单细胞亚群分类
- t-sne降维可视化图
- umap降维可视化
3.亚群差异表达(marker)基因分析
亚群marker基因GO功能富集分析
亚群marker基因KEGG功能富集分析
亚群marker基因疾病富集分析
亚群marker基因TF编码能力注释
亚群marker基因蛋白互作分析
4.细胞类型注释和定义
- 这个需要你对你自己课题组项目的生物学背景理解的辅助
5.细胞拟时间轨迹分析
- 拟时间相关基因分析
- 分化相关基因分析
6.多样本合并分析
- 多样本细胞亚群分类
- t-sne降维可视化图
- umap降维可视化
- 亚群差异表达(marker)基因分析
- 亚群marker基因GO功能富集分析
- 亚群marker基因KEGG功能富集分析
- 细胞类型注释和定义
- 细胞拟时间轨迹分析
- 细胞互作分析
-
样本分组比较分析(不同细胞比例差异、特有细胞亚群分析、差异基因分析)
7.其他分析:已知标记基因画图展示(热图、小提琴图、散点图)
-
需要客户指定感兴趣的marker基因
个性化分析
包括但不限于亚群细胞再分类、细胞异质性等细化差异分析、细胞周期效应分布等等(时价,取决于工作量)。
如果你想亲手分析自己的数据,生信技能树联合单细胞天地也推出了:7个小时的单细胞转录组视频课程(限时免费) 足足7个小时,34集,涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系,希望能够帮助到你的课题哦!
工作周期
一般为7个工作日交付(不含测序时间),具体随样本增多可能适量增加分析时间,小工作坊,点对点服务肯定没有问题。
联系方式
项目采取一对一人工客服专属沟通模式,只要你扫描咨询,并且钱给到位,一定把你的项目负责到底!不玩虚的,为避免无关人士骚扰,先付费18元,获取客服联系方式哈!
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