学会看IHC病理切片从HPA开始

Posted on 2020年4月28日 by ulwvfje

人类蛋白图谱（Human Protein Atlas，HPA）数据库已经成为了数据挖掘标配，通常你定位到了感兴趣的有生存预后意义的基因，就会去HPA数据库看看！

比如发表在Front. Oncol., 11 September 2018 | https://doi.org/10.3389/fonc.2018.00374的文章，定位到了5个hub基因，就去HPA数据库看乳腺癌的tumor和normal组织的这些基因的比例切片情况。

http://www.proteinatlas.org/ENSG00000112029-FBXO5/tissue/breast#img (FBXO5 in normal tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000112029-FBXO5/pathology/tissue/breast$+$cancer#img (FBXO5 in tumor tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000157456-CCNB2/tissue/breast#img (CCNB2 in normal tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000157456-CCNB2/pathology/tissue/breast$+$cancer#img (CCNB2 in tumor tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000090889-KIF4A/tissue/breast#img (CCNB2 in normal tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000090889-KIF4A/pathology/tissue/breast$+$cancer#img (CCNB2 in tumor tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000065328-MCM10/tissue/breast#img (MCM10 in normal tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000065328-MCM10/pathology/tissue/breast$+$cancer#img (MCM10 in tumor tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000088325-TPX2/tissue/breast#img (TPX2 in normal tissue);
http://www.proteinatlas.org/ENSG00000088325-TPX2/pathology/tissue/breast$+$cancer#img (TPX2 in tumor tissue).

如下：

这个数据库不仅仅是可以看你感兴趣的基因，用来辅助你的研究成果的发表，更重要的是里面有关于IHC这一点比例切片染色方法的基础知识详细介绍：https://www.proteinatlas.org/learn/dictionary/pathology/breast+cancer+1

检查具体的某个抗体信号

在乳腺癌样本的IHC里面用的最多的蛋白抗体是：

estrogen a receptor (ER, ESR1)
progesterone receptor (PR, PGR)
HER-2 (ERBB2)
proliferation marker Ki-67 (MKI67).

资源非常丰富

https://www.proteinatlas.org/learn/dictionary/expression/ESR1+3

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