几百年来全世界就一个人用了它

前面我们在《生信技能树》平台举办了各种ID转换相关的公开课,而且有几十个教程详细介绍了我们的一个综合性的包:

library(devtools)
install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")
library(AnnoProbe)
gpl='GPL16956'
probe2gene=idmap(gpl,type = 'pipe')
head(probe2gene)

超级简单,就可以拿到绝大部分GPL芯片平台的探针注释到基因的信息,即使是在中国大陆网络很差的地方,也可以:

library(remotes)
url='https://gitee.com/jmzeng/annoprobe.git'
install_git(url)

相关教程合辑见:

但是总接收到各种各样的反馈,说使用我们的AnnoProbe报错,其实是他自己的芯片平台太小众,我们不可能也没有这个精力为GEO数据库的全部GPL整理信息,其实就一百多个而已。

比如某个学生反馈的芯片是:Arraystar Human LncRNA microarray V2.0 (Probe Name version)

链接是:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL18084 我简单搜索了一些,居然···

image-20200923173130393

也就是说,这么多年过去了,这个芯片就一个研究使用了它而已。那,肯定是不在我的服务范围啊!

其实它提供了两个信息,都是可以去定位到基因名字的,首先是SEQUENCE,其次是 GenBank Accession number ,如下所示:

image-20200923173200890

这两个信息,都是可以定位到基因名字的,只不过呢,对于初学者来说,有门槛!

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