画韦恩图那么容易为什么拿到基因集却有问题

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学员交流群有提问，说他虽然会绘制韦恩图了，但是想提取图中指定的元素，自己弄的代码非常笨拙，感觉是R语言学的不够好，希望我可以秀一秀高阶代码。恰好今天没有什么可以分享的，就写这个教程吧！

首先设置4个随机的向量

set.seed(123456789)
g1=LETTERS[sample(1:26,15)]
g2=LETTERS[sample(1:26,15)]
g3=LETTERS[sample(1:26,15)]
g4=LETTERS[sample(1:26,15)]
VENN.LIST=list(g1=g1,
 g2=g2,
 g3=g3,
 g4=g4)
VENN.LIST

一般来说，这4个向量里面的元素大概率是有交集的：

> VENN.LIST
$g1
 [1] "T" "B" "G" "P" "K" "L" "M" "X" "U" "I" "R" "J" "O" "E" "S"

$g2
 [1] "F" "J" "O" "L" "Z" "D" "M" "N" "I" "T" "P" "B" "E" "C" "U"

$g3
 [1] "G" "M" "U" "F" "Y" "I" "W" "Q" "H" "J" "T" "A" "X" "E" "C"

$g4
 [1] "P" "M" "O" "N" "S" "Y" "Q" "K" "U" "W" "T" "G" "C" "F" "H"

然后绘制韦恩图

代码随处可以搜索到：

require("VennDiagram")
venn.plot <- venn.diagram(VENN.LIST , NULL,
 fill=c("red", "blue",'green','black'),
 alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5), cex = 2, cat.fontface=4,
 category.names= names(VENN.LIST),
 main="venn.diagram")
grid.draw(venn.plot)

出图如下所示：

image-20201214170214993

可以制作csv表格

代码如下：

x=VENN.LIST
names(x)
id=unique(unlist(x))
id
y=do.call(cbind,lapply(x, function(i){
 sign( id %in% i)
}))
rownames(y)=id
y=data.frame(y)
y$sum=rowSums(y)
y=y[order(y$sum,decreasing = T),]
head(y)

会得到如下所示的表格：

> head(y)
 g1 g2 g3 g4 sum
T 1 1 1 1 4
M 1 1 1 1 4
U 1 1 1 1 4
G 1 0 1 1 3
P 1 1 0 1 3
I 1 1 1 0 3

可以看到，出现4次的元素是 T,M,U 这3个，跟前面的韦恩图是对应的。

这个时候，如果你的合作者并不擅长代码，可以直接打开这个csv文件，根据sum列进行筛选即可。

或者代码提取元素

z=apply(y,1,function(x){paste(x[1:4],collapse = '-')})
as.data.frame(sort(table(z)))

如下所示：

> as.data.frame(sort(table(z)))
 z Freq
1 0-0-1-0 1
2 0-1-0-1 1
3 1-0-0-0 1
4 1-0-1-0 1
5 1-0-1-1 1
6 0-1-0-0 2
7 0-1-1-1 2
8 1-0-0-1 2
9 1-1-0-0 2
10 1-1-0-1 2
11 1-1-1-0 3
12 1-1-1-1 3
13 0-0-1-1 4
> which(z=='1-1-1-1')
T M U
1 2 3

前面的4个随机的向量的交集可以有13种情况，各个情况的元素的数量都展现出来了，提取需要的组合，很简单的which函数即可：

也可以试试看UpSetR包

代码如下：

library(UpSetR)
p=upset(fromList(VENN.LIST), order.by = "freq")
p
p$New_data

它得到 p$New_data 其实就是我们自己制作的 y

归根结底都是R基础知识的掌握而已。

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