让你的基因有名字

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分享一下学员笔记，主要是她跟了我们《数据挖掘》课程后，在进行GO富集分析可视化遇到的问题：

展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名，只显示ID号码

第一次绘图

下面展示代码：

library(clusterProfiler)
library(org.Hs.eg.db)
library(DOSE)
data("geneList")
diffGenes=names(head(geneList,200))
allGene=names(geneList)
ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
 OrgDb='org.Hs.eg.db',
 ont = "CC",
 universe= allGene )
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)

cnetplot绘图函数效果如下所示：

image-20201214221142321

非常漂亮啦，但是展示通路的共同基因绘图时无法显示基因名，只显示基因的ID号码。

在学习班的微信群咨询了jimmy老师后，不仅仅拿到了解决方案，还记录了这个笔记！

加上 readable = T 后继续绘图

修改后GO富集分析代码

ego_CC <- enrichGO(gene = diffGenes,
 OrgDb='org.Hs.eg.db',
 ont = "CC",
 universe= allGene ,
 pAdjustMethod = "BH",
 pvalueCutoff = 1,
 qvalueCutoff = 1,
 readable = T)
cnetplot(ego_CC, foldChange=geneList)

readable要是T，否则就无法显示基因名，现在效果如下：

image-20201214221401983

Enrichment Map富集时报错

另外，她还遇到了Enrichment Map富集时报错，也是通过自己的搜索解决了问题：

Term similarity matrix not available. Please use pairwise_termsim function to deal with the result

处理方法：

library(enrichplot)
ego_CC2 <- pairwise_termsim(ego_CC)
emapplot(ego_CC2)
​

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