一般来说, 遗传变异位点注释软件我会介绍ANNOVAR和VEP,以及snpEFF,他们三个的引用是最多的。并不是说就他们3个软件可以做遗传变异位点注释啦,比较知名的还有GEMINI以及SeqAnt,也是萝卜青菜各有所爱哈。
但是我最近在总结这方面遗传变异位点注释软件工具的时候,看到了2018年发表在Genome Biology 杂志文章:《Bystro: rapid online variant annotation and natural-language filtering at whole-genome scale》,因为比较新,所以我多看了两眼。研究者开发了一个在线遗传变异位点注释工具, Bystro (https://bystro.io/) 自称是优于ANNOVAR和VEP的。
反正,我是对这样的网页工具不感冒了,首先访问是快不到哪里去,另外,自由度太低了!
如果你想知道ANNOVAR和VEP,以及snpEFF如何使用,可以看我在《生信技能树》的教程啦,如果你目前看教程比较困难,有一个学习班推荐给大家!