我以前一直以为有了bwa跟bowtie，没什么必要用其它的alignment软件，直到我碰到了高插入删除的helicos三代测序数据，我才发现，这个古董软件genomemapper居然大有用武之地了。

一．下载并且安装该软件

这是最新版本了

Wget http://1001genomes.org/data/software/genomemapper/genomemapper_0.4.4/genomemapper-0.4.4.tar.gz

这个软件安装很简单，解压进入目录，make一下即可

看到make完了之后就会多了两个软件，其中一个是用来构建参考基因组索引，一个用来比对的！

二．准备数据

既然是比对软件，那么肯定是一个参考基因组，一个测序的fastq原始文件咯

当然这个软件比较奇葩，它还支持Multi-FASTA, FASTQ2 or SHORE flat file format,

三、比对命令

这里要分两步走，首先是构建参考基因组的索引，然后才是比对

/home/jmzeng/bio-soft/genomemapper-0.4.4/gmindex \

-i BRCA1.fa -x BRCA1.idx -t BRCA1.meta

首先构建索引，种子长度就用默认的12即可，然后构建完索引如下。

然后进行比对即可

/home/jmzeng/bio-soft/genomemapper-0.4.4/genomemapper \

-i BRCA1.fa -q SRR258835.fastq -M 4 -G 2 -E 4 -o mapped_reads.fl -u unmapped_reads.fl

成功比对的都输出到了mapped_reads.fl -这个文件，未比对上的在unmapped_reads.fl

我有12344条序列，成功比对的只有5276条，但是如果我用精确比对的算法，只有一千五百条是可以比对的，所以用这个允许4个mismatch和2个gap的比对算法，大大提高了比对率。

然后我修改了比对参数可以达到5605,5654,5696的提升。但是没有质的飞跃，估计本身我的这种helicos测序数据错误率就太可怕了。

四，输出结果解读

这个是很规则的tab键分割的文本字符，我就不解读了，大家看readme