明码标价之VIP包年答疑

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前面的明码标价服务以数据分析为主：

  • ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600
  • 单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释仅收费800
  • 普通转录组上游分析仅收费800
  • 公共数据库的WGCNA分析仅需800
  • 公共数据库的生存分析进需800
  • 明码标价之转录组常规测序服务（仅需799每个样品）
  • 明码标价之转录组下游分析仅需800元
    不过，考虑到绝大部分咱们《生信技能树》的粉丝，其实并不需要这些超级基础的数据分析服务。最大可能是大家在自己的课题设计，数据探索过程中，缺乏关键的点拨，所以我们的《VIP包年答疑》的业务也应运而生！
    瞧瞧的告诉大家，这个《VIP包年答疑》的业务其实试运行了一段时间，见：帮助有价值的你

    比如2月的交流

    vip01 （不同ngs组学数据整合）

    各位老师，我想问个小问题，我现在手上自己的多组学测序结果，包括肿瘤组织内微生物16sRNA的结果，和肿瘤组织的RNA-seq结果，想将两者进行联合分析，我想到的是通过WGCNA的方式整合，但整合方式有所疑惑，我有一下两种想法：

  • 1、我是应该将16sRNA的OTU值看作是一个测量值（类似肿瘤标志物，血常规那样）来看和OTU最相关的RNAseq模块，再对模块内的基因进行下游分析
  • 2、将16sRNA的OTU值和RNA-seq的表达值看为是同样的值（这个过程是否需要将两个数据维度调整到同一水平，怎么调整也是个问题哈）纳入模块，再去和临床指标进行关联，然后提出最相关的模块（此时模块中包含了基因和微生物），然后再进行下游分析
    这是我的问题，各位老师有时间的时候麻烦指导下哈！

    讨论:
  • 个人感觉这样的整合没有太大意义，基因表达和微生物组成联系太远了，即便是能找到和OTU相关的模块儿，也很难从生物学角度解释这样的结果。一般是通过代谢组学将个体的组学数据和微生物组的数据联系在一起，很少见到直接将个体基因表达和微生物组成做相关的. （GC Wang）
  • 你可以用OTU的数据做代谢分析，看和哪些相关，然后再尝试和基因表达联系一下。（GC Wang）
    VIP14 （单细胞不同流派）

    各位老师好，我也有2个小问题

  • \1. 我看B站单细胞视频有介绍单细胞的2个方向，发展测序深度和发展细胞个数，请问这两个方向的单细胞转录组，比如smartseq（应该是叫这个？）和10×Genomics在数据挖掘上的处理流程、使用R包是大致相同的嘛？还是各有各的分析方法和流程呢？
  • 比如一篇文章测了肾癌患者外周血细胞的单细胞（包括T细胞），另一篇测了肾癌患者肾脏细胞（其中也包括T细胞），那我有可能把其中的T细胞挑出来，对比分析吗？
  • \2. 请问通过单细胞转录组，分析细胞的代谢改变，除了KEGG还有别的数据库推荐吗。
    讨论：
  • 这有一篇比较10x genomics 和 smartseq2 的文章，你可以看一下，张泽民实验室： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/615013v1 （GC Wang）
    vip04 （单细胞细胞通讯）

    对于各种计算CCI的工具怎么去取舍？之前看过一篇文章比较cellphonedb啊 nichenet cellchat 但是看不太懂 想知道有没有比较通俗的方式理解？

    讨论：
  • 1，大致形同，2，ccmGDB: a database for cancer cell metabolism genes （周运来）
    vip18 (资料索取）

    \1. 在项目中学习： 视频讲解+答疑
    \2. 文献复现

    讨论：

    项目可以是学徒作业练习题哦：https://mp.weixin.qq.com/s/b3rR--dUwAZSvibF07-WQQ
    文献复现的话我们有一个2018和2019的专辑：学徒数据挖掘代码打包，https://mp.weixin.qq.com/s/v-RMh3HKMT_mfIhyS91d_g
    我猜你可能是需要单细胞数据挖掘 视频讲解+答疑，那就看这个：大家感兴趣的：https://mp.weixin.qq.com/s/3XyA-DXRzL8JuJlnV3LW0Q
    单细胞数据挖掘视频课程的b站免费学习链接：https://www.bilibili.com/video/bv1pa4y1s76J
    代码：https://share.weiyun.com/XFuOIEsZ
    抓紧时间看完哦，也就是两个小时而已

    vip20（NGS全新流程研发问题）

    我想问问大家对于SORT-seq这个单细胞方法学的上游分析有没有了解的，我查了一下这个公司的官网，居然没怎么说明如何处理fastq，这是公司的官网https://www.scdiscoveries.com/technology/sort-seq/#workflow

    讨论：
  • 研发一个ngs数据处理流程，基本费用要6000，如果比较麻烦需要5万以上，上不封顶
    # VIP07（TCGA问题）

    ucsc的xena浏览器下载到了log2(count+1)标准化后的矩阵，但是发现2^tmp - 1逆向运算后出来的矩阵还是非整数的

    讨论：
  • 这个时候可以直接向上取整，ceiling，天花板函数即可
    VIP？（核糖体含量对单细胞影响）

    问一个问题 我在做的单细胞de分析 一个组织的ribosome protein系列（rpl +数字 系列的基因）过于活跃 log2 可以到-0.9 这是有什么生物学意义吗 还可以做什么分析继续解谜呢

    讨论：
  • 做一个细胞周期看看
    VIP14（WCGNA样品数量问题）

    请教各位老师，WCGNA在RNA-seq或芯片领域的应用条件是什么，我在网上看到需要至少15个样本，但是不清楚这个样本数量是指实验组至少15个，还是对照组+实验组至少15个。还有别的样本量要求吗？
    曾老师我再确认下，也就是说，只要样本量大于15，只有一个实验组一个对照组，对于寻找跟感兴趣基因相关的基因，wgcna是合适的分析方法对吗？

    讨论：
  • 无论分组，差不多15个样品即可，这些要求都不是绝对的。

    其它比较好的例子

  • Q1: 大家教程列出来的MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库针对的是人类
  • Q2: 为什么我的网页版Rstudio登陆总是失败
  • Q3: 两个不同平台芯片该如何整合在一起
  • Q4: 我的rmarkdown报表丑爆了-有没有优化的样式推荐
  • Q5: 多个样品独立的txt文件如何批量读取并且整合到一个表达矩阵
  • Q6: 带着文件夹结构的拷贝
  • Q7: ggplot入门和提高的资源
  • Q8: 开局50基因可以分析什么
  • Q9: Linux系统性非root用户R包安装失败
  • Q10: ngs组学实验价格和分析价格
    也可以是一些绘图细节类讨论，比如：横纵坐标染色体编号排序
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