课程推荐-山东大学生物信息学

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前面我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学。

但是《中国大学MOOC》这个平台，大家不怎么主动去学习，反倒是B站成为了学习中心。最近就看到有人搬运了不少生物信息学相关视频课程在b站，所以我们继续这个《资源》推荐专辑：

今天带来的是【推荐课程】山东大学生物信息学（高清原版课程带全套课件）（总计12个小时）

被上传到了b站，目录如下：

  • 1.1 课程介绍
  • 1.2 探索生物信息学神秘岛-01
  • 1.2 探索生物信息学神秘岛-02
  • 1.3 生物信息学是神马
  • 1.4 这门课学神马
  • 2.1 为什么需要生物数据库
  • 2.2 生物数据库的分类
  • 2.3 文献数据库：PubMed-01
  • 2.3 文献数据库：PubMed-02
  • 2.4 一级核酸数据库：GeneBank-01
  • 2.4 一级核酸数据库：GeneBank-02
  • 2.4 一级核酸数据库：GeneBank-03
  • 2.4 一级核酸数据库：GeneBank-04
  • 2.5 一级核酸数据库：基因组数据库-01
  • 2.5 一级核酸数据库：基因组数据库-02
  • 2.6 二级核酸数据库
  • 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB-01
  • 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB-02
  • 2.7 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB-03
  • 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB-1
  • 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB-02
  • 2.8 一级蛋白质结构数据库：PDB-03
  • 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2-01
  • 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2-02
  • 2.9 二级蛋白质数据库：Pfam，CATH，SCOP2-03
  • 2.10 专用数据库：KEGG，OMIM-01
  • 2.10 专用数据库：KEGG，OMIM-02
  • 3.1 认识序列
  • 3.2 序列相似性
  • 3.3 替换记分矩阵-01
  • 3.3 替换记分矩阵-02
  • 3.3 替换记分矩阵-03
  • 3.4 序列两两比较：打点法-01
  • 3.4 序列两两比较：打点法-02
  • 3.4 序列两两比较：打点法-03
  • 3.5 序列两两比较：序列比对法-01
  • 3.5 序列两两比较：序列比对法-02
  • 3.5 序列两两比较：序列比对法-03
  • 3.6 一致度和相似度
  • 3.7 在线双序列比对工具-01
  • 3.7 在线双序列比对工具-02
  • 3.7 在线双序列比对工具-03
  • 3.7 在线双序列比对工具-04
  • 3.8 BLAST搜索-01
  • 3.8 BLAST搜索-02
  • 3.8 BLAST搜索-03
  • 3.8 BLAST搜索-04
  • 3.8 BLAST搜索-05
  • 3.8 BLAST搜索-06
  • 3.9 多序列比对介绍-01
  • 3.9 多序列比对介绍-02
  • 3.10 在线多序列比对工具-01
  • 3.10 在线多序列比对工具-02
  • 3.10 在线多序列比对工具-03
  • 3.11 多序列比对的编辑和发布-01
  • 3.11 多序列比对的编辑和发布-02
  • 3.12 寻找保守区域-01
  • 3.12 寻找保守区域-02
  • 3.12 寻找保守区域-03
  • 4.1 进化的故事-01
  • 4.1 进化的故事-02
  • 4.2 基本概念-01
  • 4.2 基本概念-02
  • 4.2 基本概念-03
  • 4.3 系统发生树-01
  • 4.3 系统发生树-02
  • 4.4 系统发生树的构建
  • 4.5 MEGA7构建NJ树-01
  • 4.5 MEGA7构建NJ树-02
  • 4.6 课后甜品-01
  • 4.6 课后甜品-02
  • 5.1 蛋白质的结构
  • 5.2 蛋白质的二级结构-01
  • 5.2 蛋白质的二级结构-02
  • 5.2 蛋白质的二级结构-03
  • 5.3 蛋白质的三级结构
  • 5.4 三级结构可视化软件VMD-01
  • 5.4 三级结构可视化软件VMD-02
  • 5.4 三级结构可视化软件VMD-03
  • 5.4 三级结构可视化软件VMD-04
  • 5.5 计算方法预测三级结构-01
  • 5.5 计算方法预测三级结构-02
  • 5.5 计算方法预测三级结构-03
  • 5.5 计算方法预测三级结构-04
  • 5.5 计算方法预测三级结构-05
  • 5.5 计算方法预测三级结构-06
  • 5.6 三级结构的比对-01
  • 5.6 三级结构的比对-02
  • 5.7 蛋白质分子表面性质（-01
  • 5.7 蛋白质分子表面性质（-02
  • 5.8 获取蛋白质四级结构
  • 5.9 蛋白质-蛋白质分子对接-01
  • 5.9 蛋白质-蛋白质分子对接-02
  • 5.10 蛋白质-小分子分子对接-01
  • 5.10 蛋白质-小分子分子对接-02
  • 5.10 蛋白质-小分子分子对接-03
  • 5.11 虚拟筛选与反向对接-01
  • 5.11 虚拟筛选与反向对接-02
  • 5.11 虚拟筛选与反向对接-03
  • 5.12 分子动力学模拟
  • 6.1 基因组学与测序技术
  • 6.2 高通量测序技术在精准医学中的应用
  • 6.3 生物信息学面临的挑战-01
  • 6.3 生物信息学面临的挑战-02
  • 6.3 生物信息学面临的挑战-03
  • 6.4 从头测序
  • 6.5 重测序
  • 6.6 转录组测序
  • 6.7 表观基因组学
  • 6.8 猛犸象基因组测序计划
  • 6.9 古基因组学面临的挑战
  • 6.10 古基因组学研究中的生物信息技术
  • 7.1 贝叶斯公式及其生物学应用-01
  • 7.1 贝叶斯公式及其生物学应用-02
  • 7.1 贝叶斯公式及其生物学应用-03
  • 7.2 二元预测的灵敏度和特异度-01
  • 7.2 二元预测的灵敏度和特异度-02
  • 7.2 二元预测的灵敏度和特异度-03
  • 7.3 基本序列算法-01
  • 7.3 基本序列算法-02
  • 7.3 基本序列算法-03
  • 8.1 什么是数据挖掘-01
  • 8.1 什么是数据挖掘-02
  • 8.1 什么是数据挖掘-03
  • 8.2 数据库系统
  • 8.3 机器学习-01
  • 8.3 机器学习-02
  • 8.3 机器学习-03
  • 8.4 WEKA-01
  • 8.4 WEKA-02
  • 8.4 WEKA-03
  • 8.4 WEKA-04
  • 8.4 WEKA-05
  • 9.1 Linux操作系统
  • 9.2 Linux基本命令-01
  • 9.2 Linux基本命令-02
  • 9.3 Perl语言基础入门-01
  • 9.3 Perl语言基础入门-02
  • 9.3 Perl语言基础入门-03
  • 9.3 Perl语言基础入门-04
  • 9.4 Perl语言基础高级-01
  • 9.4 Perl语言基础高级-02
  • 9.5 前端开发和HTML介绍
  • 9.6 HTML常用标签-01
  • 9.6 HTML常用标签-02
  • 9.7 设计简单的网页-01
  • 9.7 设计简单的网页-02
  • 9.7 设计简单的网页-03
  • 9.8 HTML与CGI简单交互

大家不要妄想听完这个课就学会了生物信息学

生物信息学是一个很大的概念，如果把它比作是奥运会，跳高跳远和跑步的就是完全不同的项目，而且仅仅是跑步就有长跑短跑跨栏多个项目。假如你要参加奥运会要先学会爬行，然后走路，接着跑步，再次是专业的训练比如腹式呼吸等等。同理，虽然说大家都是在做生物信息学，有人做的是蛋白质结构预测，有人做的是代谢组和蛋白质组学，而我们公众号教程里面通常说的生物信息学指的是基于ngs的各种ngs组学，甚至都不包括三代测序这样的小众方向。

再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

把R的知识点路线图搞定，如下：

  • 了解常量和变量概念
  • 加减乘除等运算（计算器）
  • 多种数据类型（数值，字符，逻辑，因子）
  • 多种数据结构（向量，矩阵，数组，数据框，列表）
  • 文件读取和写出
  • 简单统计可视化
  • 无限量函数学习

Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习：

  • 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。
  • 第2阶段：做到文本文件的表格化处理，类似于以键盘交互模式完成Excel表格的排序、计数、筛选、去冗余，查找，切割，替换，合并，补齐，熟练掌握awk,sed,grep这文本处理的三驾马车。
  • 第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！
  • 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。
  • 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。
  • 第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。

这样的课程， 比如：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，以及：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学，北京大学生物信息学:学习方法(完整带课件）（总计14个小时）。都不是直接对你的ngs组学技能负责的，就好比你如果是想参加奥运会的100米短跑，它这样的课程就是告诉你走路的基本原理，并不能直接决定你奥运会成绩，但是不知道走路的基本原理肯定是会在跑步的时候会知其然不知其所以然。

这样的课程，是给你打基础的，后续你仍然是需要主动加强R语言和Linux技能，学习后可以试试看我们的周末班全套练习题：

R语言的练习题
LINUX的练习题：

然后就可以看我B站免费NGS数据处理视频课程，已经组建了微信交流群的有下面这些：

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