最近在梳理类器官领域的单细胞研究，发现了2024的文章：《Single-cell transcriptome profiling of primary tumors and paired organoids of pancreatobiliary cancer》，数据集在：GSE214295 (PRJNA885258)

we conducted scRNA-seq for paired primary tumors and organoids from one cholangiocarcinoma (CCA) and two pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) patients.

GSM6603324 Primary001, scRNAseq
GSM6603325 Primary002, scRNAseq
GSM6603326 Primary003, scRNAseq
GSM6603327 PDO001, scRNAseq
GSM6603328 PDO002, scRNAseq
GSM6603329 PDO003, scRNAseq

样品数量并不多，但是还试图涉及两个癌症，可能是因为病人比较特殊吧，一个病人可以同时患胰腺癌和胆管癌。但是全文并没有过多涉及到胰腺癌和胆管癌的对比，主要是关注于类器官培养后的单细胞转录组数据差异。
如下所示的tSNE二维图可以看到，两个癌症各自的样品其实是内部独立的分析，并没有混合，所以大家的tSNE二维图坐标不需要一致。

因为是内部独立的降维聚类分群，所以大家细胞亚群数量也可以不一致，第一层次降维聚类分群的数量并不需要跟生物学亚群统一，生物学取决于大家的知识背景。通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：

• immune (CD45+,PTPRC),
• epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
• stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo)
  参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和endo进行细分，并且编造生物学故事的。
  值得注意是在CCA里面的恶性上皮细胞和在PDAC的恶性上皮细胞来源是不一样的，前者是肝脏胆管上皮细胞，后者是胰腺导管上皮细胞。而且PDAC里面是有Acinar细胞，它没有拷贝数变异，是正常二倍体的上皮细胞，如下所示：
  
  后面所有的分析就是混合两个癌症的不同单细胞转录组样品数据啦，首先是看拷贝数变化情况，说明Organoids retain the CNV patterns of the matched primary tumors. 然后做具体的每个病人的类器官培养前后差异分析：
  
  3个病人各自的类器官培养前后共有的差异基因富集到了cellular responses to stimuli 功能，但是好像是并没有说明文章的核心观点，因为是想展示类器官能非常好的维持其来源的原位肿瘤的基因组层面的突变信息，这样就说明了类器官可以成为肿瘤病人的精准医疗替身！
  后面就是针对成纤维细胞，t淋巴细胞的细分亚群和常规分析啦，我们有一个视频号直播这个分析过程哈！