下载软件
http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/
我们这里就在window平台下使用，所以直接下载zip包即可，解压即可使用
准备数据
我这里就简单的用muscle生成了一个树文件来看看结果TRAV.fa 是一百多个类似的基因
muscle -in TRAV.fa -out tmp
muscle -maketree -in tmp -out TRAV.tree
这个树文件TRAV.tree是Newick format,可以直接被figtree识别从而画图
软件使用
很简单，下载，点击即可使用，然后导入树文件，就可以直接出图啦!
软件的主页是
进入主页，简单看看软件介绍，这个软件还是蛮牛的，一个人在家里自己写出来的，当然，对于普通人来说，这个软件跟clustalW没什么区别，反正都是多序列比对啦！
我们下载适合我们平台的版本即可！
准备数据，我这里选择的是几个短小的蛋白
这里有两种比对方式，都是很简单的命令
一种是先比对，再生成树文件（树的格式是Newick format, ）
muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a
muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy （这里有两种构建树的方式）
另外一种是比对成aln格式的数据，然后用其它软件（phyml或者phylip）来生出树文件
muscle -in mouse_J.pro -clwout seqs.aln
可以看到比对的效果还是蛮好的，是aln格式的比对文件，这个格式非常常用
或者输出phy格式的比对文件，
muscle -in mouse_J.pro -physout seqs.phy
可以被phyml等软件识别，然后来构建进化树，见 http://www.bio-info-trainee.com/?p=626
本来还没这么快写进化专题的，但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件，看看能否生成树，我就试用了一下phyml这个软件，挺简单的。
一、下载并安装该软件
这是一个很简单的软件，我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦，官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序，我这里用linux64的。
wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip
二．准备文件
它需要的phy格式的多重比对结果文件，一般是clustalW或者muscle比对的结果
可以看到是53个蛋白，多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。
三．命令
./PhyML-3.1_linux64 -i test.phy -d aa -b 1000 -m LG -f m -v e -a e -o tlr
这些参数在运行的时候都会显示出来
具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221
四，输出文件
这个时间会很久，大家有心里准备！！！总共会输出四个文件，
test.phy_phyml_tree.txt : 最大似然法构建的进化树
test.phy_phyml_boot_stats.txt : bootstrap 的统计信息
test.phy_phyml_boot_trees.txt : bootstrap 树
test.phy_phyml_stats.txt : 程序运行的中的参数和结果统计
然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt 就可以用figtree等软件画图啦！！！