最近各个公众号都在鼓吹单细胞转录组数据套路，感觉这样的科研风气不好，数据挖掘这个技能最大的作用应该是避免大家重复浪费科研经费去做一些明明可以通过分析公共数据库拿到的结论！
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第五期数据挖掘班的感想
记得当年考研报了个英语培训班，讲了英文写作和中文写作的一个重要区别就是，中文写作会把一段话的中心思想放在段末，而英文则恰恰相反，习惯开门见山，个人感觉，后者会好一些，毕竟为读者着想，人家看了头一句后不感兴趣就走了，别耽误人家时间。
下面值得你看！
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# 单细胞教程新秀-生信会客厅
做单细胞相关教程三年多了，也顺便开了一个《单细胞天地》的公众号，但是到后期，就感觉一直是在“炒冷饭”。翻来覆去就一直是单细胞基础10讲相关内容而已：
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单细胞区分免疫细胞和肿瘤细胞（CNS图表复现03）
上个月我们组建了：《单细胞CNS图表复现交流群》，见：你要的rmarkdown文献图表复现全套代码来了（单细胞），也分享了单细胞转录组数据分析的流程：
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单细胞前沿进展讲座和技术教程分享哪个更受你喜欢
前面我们在《单细胞天地》强推了：《单细胞基因组学前沿会议推荐》，因为疫情原因，单细胞基因组学前沿会议将会在线上举办，时间是：October 27-29, 2020 Virtual，官网：https://www.csh-asia.org/?content/404 。很多粉丝表明这样的会议只能是看“神仙打架”，学不到干货。那些演讲者当然很出名，汤富酬，张泽民的，但是他们分享的内容过于前沿和高精尖，不具备普适性。希望我们可以多分享一些干货，技术教程。恰好看到了英国剑桥大学这次暑期5天小课堂，虽然已经结束：22nd - 28th July 2020: Zoom virtual school, University of Cambridge，但是全部的资料都是共享出来的，跟我们之前分享的《华盛顿大学8天的生物信息学培训全部资料大放送》l类似，整理的非常！
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单细胞聚类分群的resolution参数问题（CNS图表复现04）
我们的CNS图表复现之旅已经开始，前面3讲是；
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单细胞初级8讲和高级分析8讲
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单细胞基因组学前沿会议推荐（冷泉港亚洲学术会议）
举办地是中国苏州的冷泉港亚洲学术会议中心，超级漂亮的地方，我去过好几次了。这次因为疫情原因，单细胞基因组学前沿会议将会在线上举办，时间是：October 27-29, 2020 Virtual，官网：https://www.csh-asia.org/?content/404
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单个肿瘤病人的外显子数据分析策略
单个肿瘤病人的外显子数据分析策略
肿瘤外显子测序相信大家都不陌生了，通常都是大队列研究，首先WES相比较于WGS已经是大幅度降低成本了，其次太多超级肿瘤队列已经发表了。如果你的100人以下的肿瘤外显子队列研究仍然是想发表，一般来说靠的是疾病的特殊性了。
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如何获取非模式生物KEGG PATHWAY的基因集并用clusterProfile做GSEA？
作者 so_zy, 2020-10-14
写此文档的缘由：在做GSEA分析时，由于研究的是非模式生物，从Broad Institue开发的MSigDB没有找到合适的预设基因集，没办法顺利进行GSEA. 但是KEGG数据库收录有目标物种。几经折腾，终于跑上了GSEA. 写此文档为其他研究非模式生物的人员提供一点借鉴。
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周六文献阅读目录
我们在2020疫情爆发前，系统性整理了生信菜鸟团公众号在2019年的文献阅读专辑的目录，并且提出如果大家能在假期刷完这些文献的摘要，应该就是了不起的科研人员了！
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不要有事没事就蹭我的流量
总是能看到有人转发一些不和谐的声音给我看，可能是五六年前写教程的时候得罪了很多人，不知道为啥子这些黑粉就追着我不放手，心中的执念那么深，你的生活会幸福吗？
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不同样本的WES数据分析时多比对区域是否有差异
做过WES数据分析的小伙伴都知道，最后找到了的很多变异位点，其实都落到了那些富含多比对reads的区域。而这些区域呢，其实是NGS技术的缺点，有些时候可以直接把位于这些区域的突变位点直接硬过滤掉。
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并不是所有的批次效应都可以被矫正
最近接到粉丝求助，他最近在跟着我B站课程和GitHub代码处理GEO 芯片：
GSE113486 GEO平台 已经进行了log2 转换和 Normalized signal intensity by internal control miRNAs. 我画了他们的箱式图是这样的。不太整齐。我不确定是不是还要进行normalizeBetweenArrays处理。我看你的视频课程是说要样本间要整齐，但是课题组师兄师姐说他们没看这个，直接做差异分析的，所以比较困惑后续处理的细节把握。
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表达矩阵是如何得到的（CNS图表复现10）
前面的教程里面：CNS图表复现07—原来这篇文章有两个单细胞表达矩阵，我们提到多，是自己读取作者上传到谷歌云里面的2个csv表达矩阵，这个时候有读者就提出来了疑问，作者是如何拿到表达矩阵的呢？
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保研躺学？
写在前面
- 暑假前的优秀本科生数据挖掘毕业设计课题辅导活动， 已经带领了近100多名优秀本科毕生了解生物信息学，并且完成了相关毕业设计，见：这120万我就不要了，送给500名优秀本科生，看到朋友圈的那些小朋友相继开启毕业照朋友圈刷屏模式，甚是欣慰。
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把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云
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把基因数量搞小的数据挖掘想法是好的但可能不现实
我一直强调：数据挖掘的核心是缩小目标基因！
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10个细胞系仅1个表达你的基因
感兴趣的一个基因A，研究它在10种乳腺癌细胞系中的表达情况，跑了western和qpcr 。 发现它只在一种乳腺癌细胞系中表达，其他9种都不表达。 结果是一致的，确认自己的实验没有问题！ 现在都怀疑唯一有表达的那个细胞系是不是污染了？？？
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windows的Ubuntu子系统ssh和ftp
一般来说，对Linux的服务器，我们会使用ssh和ftp来进行交互，通常是xshell以及xftp两个软件。
但是很多时候，我们可能并没有Linux服务器，这个时候其实自己的个人电脑也可以勉强成为Linux服务器： Continue reading