分享一个粉丝来信：
敬爱的曾老师： Continue reading →

最近接到粉丝求助，有一篇文献写到：We found that 16 differentially expressed genes (Table 2) represented by specific probe sets (‘_at’ suffix) mapped to previously reported linkage peaks on chromosomes 1p34, 5q12, 9q22, 9q34, 13q32, 14q32, and 20q13. Continue reading →

有粉丝求助，她做850K甲基化芯片数据处理的时候，使用champ流程，然后报错非常诡异，是Failed CpG Fraction，各种查资料都无法解决，我让她复制粘贴报错的关键信息，如下： Continue reading →

因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑，所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件，当然是也包括R语言啦，毕竟我一直强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： Continue reading →

做数据挖掘的朋友们都懂，cytoscape的出镜率非常高，主要是因为太多人对R语言的掌握程度不好，所以只能是借助cytoscape这样的可视化软件，cytoscape是java语言开发的，也有很多人在cytoscape的基础上面开发插件，而且有一些插件就可以单独发表SCI文章，有点类似于在R语言的平台上面开发R包就可以发文章一样。 Continue reading →

科研热点就是这样，两三年就换一批，抢热点大概率上就是摘那些低垂的果实。
相信大家这两年都见证了单细胞测序的火爆， 不管是紧锣密鼓的CNS文章，还是雨后春笋般的培训班。单细胞的光环太多了： Continue reading →

前面我们布置了学徒任务，复现一下DNA甲基化的组织特异性，见：学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性 。同样的，其它分子，肯定也会有组织特异性，比如lncRNA。发表在Comput Math Methods Med. 2019的文章：Portrait of Tissue-Specific Coexpression Networks of Noncoding RNAs (miRNA and lncRNA) and mRNAs in Normal Tissues 就统性探索了lncRNA表达量的组织特异性。 Continue reading →

表观调控领域关于DNA甲基化的研究绝对是一个热点，尤其是有那么多的技术，WGBS,RRBS,450K/850K芯片。早在2014年发表于Genome Biology 的文章：DNA methylome profiling of human tissues identifies global and tissue-specific methylation patterns 就设计实验系统性探索了 DNA甲基化的组织特异性。 Continue reading →

在数据挖掘课程研发的早期（2020开春，疫情期间），我们就有预感，它会成为医学生/临床医师首选技能提高课，诚意满满的3周马拉松式授课，第一期就收到了非常棒的评价，见：数据挖掘第一期学习反馈，一个季度过去了，第四期数据挖掘课程也顺利落幕，同样的有学员乐于跟大家分享她参加学习班的心得体会，我相信对你也会有所触动。 Continue reading →

在数据挖掘课程研发的早期（2020开春，疫情期间），我们就有预感，它会成为医学生/临床医师首选技能提高课，诚意满满的3周马拉松式授课，第一期就收到了非常棒的评价，见：数据挖掘第一期学习反馈，一个季度过去了，第四期数据挖掘课程也顺利落幕，同样的有学员乐于跟大家分享她参加学习班的笔记和心得体会，如果你看完后觉得有必要，可以考虑一下我们生信技能树举办的最适合医学生/临床医师的数据挖掘课程，8月3号新的一期起航，希望有你！招生宣传见：数据挖掘学习班第5期（线上直播3周，马拉松式陪伴，带你入门），原价4800的数据挖掘全套课程， 疫情期间半价即可抢购。 Continue reading →

本次Topic重点关注表观遗传大数据分析以及表观遗传和遗传数据的整合分析。如果你还不是很了解多组学数据分析，建议看看生信技能树的B站系列免费教学视频哈,见： Continue reading →

做梦吧你！

任何一个细节知识点的掌握如果背后是有四年本科的沉淀，学起来倒是很快，这也就是为什么我为给学生强调，学会一个R包跟“吃饭喝水”一样简单。 Continue reading →

看到一个研究，根据KIAA1429的表达量把TCGA数据库的乳腺癌患者分组后做生存分析，发现有统计学显著，描述如下：
Breast cancer patients were divided into low-KIAA1429 expression (n = 528) group and high-KIAA1429 expression (n=528) group. The high KIAA1429level correlated with poor survival rate. P = 0.003 Continue reading →

在《单细胞天地》交流群看到「百奥智汇」公司的官方宣传：

大家好，我们本期的云课堂的全部直播课程已经结束，下周起课程视频将移至百奥智汇官方公号（百奥智汇+）并设为付费内容，腾讯课堂内的免费视频将删除，请未来得及观看回放的老师和同学们于本周内尽快观看。
网页版地址为：<img class="wp-more-tag mce-wp-more" title="阅读更多…" src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7" alt="" data-wp-more="more" data-mce-resize="false" data-mce-placeholder="1" data-mce-src="data:image/gif;base64,R0lGODlhAQABAIAAAAAAAP///yH5BAEAAAAALAAAAAABAAEAAAIBRAA7">https://ke.qq.com/webcourse/index.html#cid=2659531&term_id=102765779&lite=1&from=800021724。

我也就顺手转发到了朋友圈，其实这样删除录屏也好，是一个deadline促进生产力的绝佳例子，资源如果一直在那里，大家肯定会想着等有空了再看。

不知道还有多少人记得我前面宣传的:转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，你会发现这两个课程，背后站在同一个男人：单细胞天地的常驻小编周运来，超级优秀。

那么，灵魂拷问来了，你看完了吗？

我们宣传的:转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，全都是免费的！如果你是生信基础知识不扎实，其实给你再多免费的资料也没有用！如果大家没有时间自行慢慢摸索着学习，或者真的学的很痛苦，可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班：

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  如果你确实这段时间没有空

  但是却眼馋这些超级优秀的单细胞资源，想先收集保存下来，也有教程，见：下载腾讯课堂视频的黑科技，使用Video DownloadHelper插件自动识别网页中播放的视频地址，再用M3U8下载器。https://huajiakeji.com/software/2018-12/1683.html。就可以成功下载腾讯课堂的全部视频啦，自己慢慢看，配合上最棒的视频播放器potplayer（下载网址：https://daumpotplayer.com/download/），学习效果简直不要不要的。
  最后，其实还有万能的淘宝，你把这个链接发给淘宝对应的商家，十几块钱就帮你下载，嘻嘻！

  文末友情推荐

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  如果你课题涉及到转录组，欢迎添加一对一客服：详见：你还在花三五万做一个单细胞转录组吗？
  号外：生信技能树知识整理实习生招募，长期招募，也可以简单参与软件测评笔记撰写，开启你的分享人生！另外：绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信，已经多次满了5000好友，所以我开通了一个微信好友，前100名添加我，仅需150元即可，3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》

我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了这两年来积累的“铺天盖地的”留言和私信，我已经在：免费视频课程《RNA-seq数据分析》交流群组建通知 列出来了。其它交流群见： Continue reading →

最近在朋友圈看到非常多的报喜，都是单细胞相关课题的顺利结束以及文章的发表，不知道是不是因为疫情隔离期间的大半年的辛勤耕耘的结果。三年前我创立《单细胞天地公众号》开始大力宣传单细胞技术的前景，伴随着10X仪器的流行单细胞转录组技术也走入“寻常百姓家”。所以收到了越来越多的单细胞数据处理方面的求助，我也顺理成章的推出了两个课程，目前免费共享在B站视频： Continue reading →

总是有粉丝问，都2020年了，公共数据库数据挖掘文章还能发吗？

这个问题怎么说呢，生命科学领域的数据挖掘课题的发表主要是靠工作量，很少有新颖或者前沿，无非就是替换癌症替换分子替换生物学功能基因集，我整理过大家耳熟能详的策略，有： Continue reading →

总有一些难关，需要帮助才能跨过去，一起来看看学员的真实反馈吧！

下面是第五期生信入门学员的分享 Continue reading →

通常大家提到转录组测序，指的是mRNA-seq，在测序文库构建的实验阶段我们有两个选项：

• 去除rRNA
• 富集polyA

因为真核生物的mRNA都是有polyA尾巴结构，示意图如下： Continue reading →

前面我提到了使用自己的闲置服务器跑10x单细胞转录组上游流程（10x的cellranger count 流程）特别慢，可能是Windows的ubuntu子系统，而不是纯正的ubuntu这样的Linux？所以就干脆重新安装一个ubuntu双系统。见：参考基因组用错了单细胞转录组流程照样可以走通 Continue reading →