Category Archives: 未分类

五 30

每个基因都值得研究吗？

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最近看到朋友圈都在宣传一个队列研究成果，就是2020年4月30日，ChinaMAP联盟携全国29家研究机构和医院，在中科院上海生命科学研究院主办的Cell Research**杂志发表了长文章“The ChinaMAP analytics of deep whole genome sequences in 10,588 individuals”。 Continue reading →

五 30

连最基础服务都不让我们专业人士来做了

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做知识分享这六年，太多粉丝需要帮助，所以我选择了全部无偿公开我所有技能，不仅仅是R和Linux基础，还包括多种ngs技术数据处理，甚至单细胞，这些教学视频都在B站。这样我就可以轻松上阵，但是千分之一左右粉丝是有科研经费，而且也没有时间精力慢慢看教程钻研摸索的，所以我们仍然是提供一点点学习辅导服务： Continue reading →

五 30

绝大部分情况下，我们其实是不知道如何提问

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有意思的是，如果能合理的提问，绝大部分问题其实就可以自己抽丝剥茧的解决掉

最近有一个学徒非常执着的要自费私聊提问（主要是专家咨询费），这里需要说明一下，我其实每天都会处理十几个粉丝提问，部分比较耗费时间的问题就会让大家等等，因为我也不是每天没事只做公益。除非是实在是等不及的，才需要自费紧急求助于我。 Continue reading →

五 30

给你8个甲基化探针， 你可以在tcga数据库进行怎样的探索

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我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：

  • 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
  • 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）
  • 3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程） Continue reading →
四 29

PAM50的概念及分子分型算法原理

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众所周知，癌症具有异质性，在乳腺癌领域，不同亚型的癌症比不同器官来源癌症的差异要大很多。最简单癌症分类，当然是一个基因，比如ER阳性或者ER阴性的乳腺癌患者，并不是说人类有2万多个蛋白编码基因就可以有2万多种分类，其实在乳腺癌领域常用的分类，就是ER,HER2,PR等等，如果这3个基因都不表达，就是临床里面比较恶性的三阴性乳腺癌啦。 Continue reading →

四 29

microRNAs靶基因数据库哪家强

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microRNAs早就不再是科研热点，但毕竟还是遗留下来了不少数据，而且好歹是TCGA计划的多组学中的一环。在自己的研究增加miRNA的角度也是极好的， 通常大家有4个需求：

  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA有哪些靶基因
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个基因由哪些miRNA调控
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA跟哪些疾病或者药物相关
  • 想知道自己感兴趣的一个或者多个miRNA是否调控自己感兴趣的一个或者多个基因 Continue reading →