节日的气氛不适合静下心来学习，追求完美的后果就是无限拖延，感谢公众号的机制是每日一发，生产力之王！阳历元旦节我摸鱼了一下2019年终总结：2019年终总结-如果我的优秀伤害到了你 其实也是因为在做总结的过程中，感觉每个细节都是可以无限扩展，追求完美的后果就是没有产出。 Continue reading →

前些天给学徒演示了猪狗的参考基因组构建索引 就顺便布置了作业，有意思的是她下载的时候，在两个参考基因组文件里面犹豫不决： Continue reading →

昨天安排学徒分享了我们全国巡讲的生信爆款入门课，大家关于下载fastq测序数据最常见的问题，就是ncbi的sra数据库访问慢，学徒写了一个shell脚本批量从ebi数据库下载，然后被吐槽比较难懂，而且不智能。我稍微改进一下： Continue reading →

如果我们最后拿到的是蛋白编码基因，当然可以很容易的注释到各种数据库，比如：Gene Ontology terms, KEGG, Reactome, NetPath, PID, INOH and BioCarta pathways ，这些数据库本质上都是一些被定义好的基因集而已。 Continue reading →

实际上写完了这个全网最好的差异分析代码：免费的数据分析付费的成品代码 我就可以收工了，但是永远不能低估粉丝的疑惑数量，任何一个细节都会被拿出来剖析。 Continue reading →

王者级别

top1：谷歌学术搜索

谷歌学术比百度学术和Pubmed搜索的内容更丰富，更新更快，

大家可以去看看《自然》杂志对话谷歌学术共同创始人 Anurag Acharya，聊了聊谷歌学术的过去和未来。

top1：Sui-Hub

这个相信不用多说了，很多人都用过。你只需想要的论文URL地址或DOI，亦或Pubmed ID复制到搜索框中，即可搜到。原来需要付费的英文论文现在也可以直接免费下载了。 Continue reading →

我们已经多次介绍过生存分析:

• 集思广益-生存分析可以随心所欲根据表达量分组吗
• 生存分析时间点问题
• 寻找生存分析的最佳基因表达分组阈值
• apply家族函数和for循环还是有区别的（批量生存分析出图bug）
• TCGA数据库生存分析的网页工具哪家强 Continue reading →

看到这个标题，大家可能会觉得奇怪，我们生信技能树的视频不都是免费的吗，一直在宣传2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路 吗？实际上，如果你进去B站仔细看，就会发现我们的免费视频课程已经满100个小时啦，不过我们还有另外一个社群，就是单细胞天地。在单细胞天地我们有一个单细胞转录组数据分析基础课程和单细胞进阶课程，很少在生信技能树宣传罢了。 Continue reading →

转眼间我已经步入博士三年级了，怎么说呢，感觉一直没有踏入科研的大门。或许是我把科研神圣化了，但实际上每个人都有自己的因缘际会，无缘参与CNS大课题，大测序计划才是常态。正是因为没有人带我，所以我才如此热心的去带别人吧，所以才有了生信技能树培养的10万生信工程师！ Continue reading →

生信技能树的粉丝都知道我们有一个全国巡讲的良心学习班，口碑爆棚，生物信息学入门省心省时省力！

这个学习班每到一个城市，当地的小伙伴们口碑的传播比我们生信技能树自媒体矩阵还积极！已经打磨成为了标准品，市面上最快速的帮大家系统性入门生物信息学的绝佳课程，下面是2019的宣传推文列表： Continue reading →

华清大学、京北大学联合发现：学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒

（纯属娱乐，不过技能是真）
2020年2月1日从华清北联合研究院获悉，该所研究初步发现，传统艺能#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#。此前，华清北联合攻关组启动由带节奏师兄牵头的抗新型冠状病毒感染肺炎药物研究瞎胡闹团队，在无视前期SARS相关研究和药物发现成果基础上，聚焦针对该病毒的治疗候选新药筛选、评价和老药新用研究。 Continue reading →

最近在B站重新学习我自己的视频课程，发现一个ID为学什么不好非要学生物的小朋友搬运了大量的生物信息学公开课，都是中国大学MOOC，我简单看了看课程设置，知识点目录。总算是明白了为什么很多人虽然是生物信息学科班出来的，但是仍然是不会处理各种各样的NGS组学数据，甚至简单的芯片表达矩阵或者信号值矩阵也是很勉强。 Continue reading →

我们首先在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推荐高校生物信息学课程改革的朋友很少。 Continue reading →

昨天我们在生信技能树分享了：中国大学MOOC的生物信息学公开课之河南科技大学 ，然后在生信菜鸟团分享了：中国大学MOOC的生物信息学之华中农业大学

不知道学习的朋友多不多，反正留言参与推动高校生物信息学课程改革的朋友很少。 Continue reading →

最近整理自己的书房，发现很多好书已经被束之高阁长达五年，也有一些是学徒带过来的经典，比如《癌生物学》，看了几十页，爱不释手，想起来珠江肿瘤的robin组织过他那边的学生写过这本书的笔记，所以借花献佛分享给我们生信技能树的粉丝。 Continue reading →

我在上海国际乳腺癌论坛（SIBCS）公众号看到他们解读的《人间世》第二季第五集《抗癌之路：癌症的黑匣里仍有微光》，值得分享：
同样的病人在上海复旦大学附属肿瘤医院检查被判断为三阴性乳腺癌，但是赴美就医，在 安德森医院 的穿刺报告显示她的肺部转移灶雌激素受体呈阳性。不同的诊断结果，意味着不同的治疗方案。 （其实原发灶和转移部位本来就是可以不同亚型的啊！） Continue reading →

如果能在假期刷完这些文献的摘要，你就是了不起的科研人员了！

• 第44期：代谢途径，GWAS，信息疾病，癌症统计数据
• 第43期：泛基因组学, 蛋白质结构预测和设计, 数据标准化方法, 单细胞多组学, 蛋白质组学
• 第42期：全长转录组、基因调控网络
• 第41期：免疫浸润、免疫调控数据库、scRNA-seq、降维可视化
• 第40期：深度学习，药物基因组学，假基因
• 第39期：非编码RNA，scRNA-seq分析工具，深度学习，组织透明化成像技术，肿瘤转移 Continue reading →

Agilent的芯片同样也是扫描得到图片，然后图像处理（主要是Agilent Feature Extraction (AFE) 软件）得到信号值，但是值得注意的是，这个时候有两个信号值矩阵，分别是：the background matrix Eb as well as for the foreground matrix E. Continue reading →

最近又需要使用一个肿瘤外显子看cnv的R包，根据全局的vcf文件，就是FACETS，发表该包的文章是：FACETS: allele-specific copy number and clonal … - NCBI - NIH

是大名鼎鼎的MSKCC单位的研究人员开发的， 作者：R Shen - ‎2016 - ‎被引用次数：189 - ‎相关文章 Continue reading →

年前我们布置过一个 agilent芯片的探索任务，很可惜，没有人接单，也许是得等我某一天遇到了，或者时间充裕了会去解决它吧！现在再来一个疑难杂症吧，就是生不逢时的Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的数据处理。
前面我提到过[HTA-2_0] Affymetrix Human Transcriptome Array 2.0芯片的分析其实挺麻烦的，首先需要搞清楚下面3个平台的差异： Continue reading →