最近刷文献，发现一个很有趣的火山图，文献是发表在 October 7, 2019的PNAS：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer Continue reading →

刚刚看到生物信息学职业发展群有人转发了一个标题很有趣的招聘：招募生信人才，高薪，环境优美，远离雾霾。一般来说有后面的两个条件，高薪肯定是无从谈起，所以果断点开看了看。
居然是海南的招聘， 海口或者三亚地区的工作！作为海南大学毕业的我，还是有点感情的，略微搜索了一下有招聘需求的老师： Continue reading →

本来是想搜索GBM单细胞数据，下载表达矩阵后完成群主（生信技能树创始人jimmy）的作业：为什么癌症病人据肿瘤单细胞水平的异质性但是细胞系没有 做成文章里面的热图。但是却搜索到了一个纯粹的单细胞数据挖掘文章，来自于哈医大生信中心，发表在Mol Oncol. 2019 Dec，题目是：Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression. Continue reading →

完整版见：https://mp.weixin.qq.com/s/R995Ml64-H9wqOYBUvb3ZQ
最近接了几个商业宣传，大家的反应比较激烈： Continue reading →

这里不是要宣传课程，我再三强调你其实可以不需要购买视频了，除非你对我的声音有特殊的爱好，或者其他我不知道的原因，我们已经有了完整版文字教程以及配套GitHub代码啦！ Continue reading →

前些天我在生信技能树重新唤起来了大家的记忆：都不知道自己还有一本生物信息学的书 ，因为是中文的接地气的教程合辑，所以受大家喜爱，我已经在出版社的鞭策下努力让他早日现世，这样大家以后带师弟师妹的时候也方便推荐教材。 Continue reading →

本来是应该是发邮件给下面的这些资料到每个人，但是发了200个后邮箱就被封了，要第二天才能继续。既然我们说好了圣诞节给到所有人，还是得说到做到，如果你没有看到本推文，我也爱莫能助。不过虽然你可能无法及时看到资料，剩余的两千多个邮箱地址，我会在接下来的十几天内分批次发放： Continue reading →

看到一个网页工具文章的figure2，列出来了2015 WHO classification 的肺癌分类，From: LCE: an open web portal to explore gene expression and clinical associations in lung cancer Continue reading →

最近看到朋友圈分享的推文里面的一篇文献里面提到了ExpressionBlast工具，主要是对基因表达差异分析结果进行注释。
文章是2019年12月17日，cell子刊Cell Reports发表的研究“SIRT6 Promotes Hepatic Beta-Oxidation via Activation of PPARα”，论文证明长寿蛋白SIRT6在促进脂肪燃烧、调控肝脏脂肪代谢中起着重要作用。 Continue reading →

大家学习到的通常是两个组的样本进行差异分析，然后走标准分析流程，火山图，热图，GO/KEGG数据库注释等等。这些流程的视频教程都在B站和GitHub了，目录如下： Continue reading →

不知不觉两年多过去了，最近整理以前学习群记录发现了当初的宏伟计划，其中一个小成果是：生物信息学最佳实践–基础篇。图灵出版社的编辑鞭策我一年多了，还没有把它整理成为出版级别的质量，我也不知道为什么，也不知道问题出在哪里。（总之自己的精力被不喜欢的科研耗着了，我也很无语） Continue reading →

前面我们系统性地总结了circRNA的相关背景知识：

• 首先了解一下circRNA背景知识
• circRNA芯片分析的一般流程
• circRNA-seq分析的一般流程
• ceRNA-芯片分析的一般流程
• circRNA_ID转化 Continue reading →

谷歌邮箱推送给我了关键词订阅文献，单细胞的，我看到如下所示： Continue reading →

WGCNA分析大家都不陌生了，我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节：

• 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版)
• 通过WGCNA作者的测试数据来学习 Continue reading →

众所周知，单细胞水平的研究，就是为了深入了解异质性，除了可以区分已知的细胞亚型，还可以对亚型进一步细分，或者找到全新的细胞亚型。当然了，每个细胞亚型的marker基因需要一些生物学背景。 Continue reading →

最近刷文献，发表在 October 7, 2019的PNAS的：Immune effector monocyte–neutrophil cooperation induced by the primary tumor prevents metastatic progression of breast cancer 粗略的看完了全文才发现里面居然是有单细胞转录组的。但是搜索全文，才出现5次single这个单词。 Continue reading →

据青塔公众号推文，近日，国家自然科学基金委员会更新了科学基金网络信息系统，公布了2019年国家自然科学基金重大项目的立项名单。2019年共有46个重大项目获资助（1个重大项目一般有3-5个课题），其中课题数共有201个，总资助经费8.86亿元。其中对我们单细胞天地公众号来说，感兴趣的就是单细胞相关课题了，如下： Continue reading →

最近看文献：Integrative Pharmacogenomics Analysis of Patient Derived Xenografts 又一次遇到了codeocean ，算是生物信息学数据分析者的一个福音，因为大量的好文章都是把绘图数据及代码一股脑的打包上去了，关键是都是可以重复出来的！ Continue reading →

前面我们提到了在我们的shiny服务器部署一个RNA-seq下游分析网页工具，虽然说因为时间关系没办法给它写一步步教程，而且的确类似的工具也太多， 写教程的时间付出并不经济。那我们再介绍一个shinyGEO吧，跟前面的Shiny-Seq名字很相似，应该是主攻芯片数据分析，一个是主动测序数据处理，都是基于表达矩阵的。 Continue reading →