文章发表于2013年，GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-Seq data 同样是broad 研究生出品，其在2005年PNAS发表的gsea已经高达1.4万的引用了，不过这个GSVA才不到300。 Continue reading
五
22
Category Archives: 未分类
五
22
使用ESTIMATE来根据stromal和immune细胞比例估算肿瘤纯度
文章发表于 (2013).
“Inferring tumour purity and stromal and immune cell admixture from expression data.”
Nature Communications doi:10.1038/ncomms3612.
五
18
ddseq单细胞转录组数据上游处理(2)-云平台illumina
云平台illumina能一家独大吗
先浏览：ddseq单细胞转录组数据上游处理(一)
因为要处理illumina的单细胞转录组数据，所以看了看其云平台：https://basespace.illumina.com/apps
琳琅满目，简单截图如下：
五
18
单细胞转录组探索CRC病人的一致性
单细胞转录组探索CRC病人的一致性
文章是：Reference component analysis of single-cell transcriptomes elucidates cellular heterogeneity in human colorectal tumors. Nat Genet 2017 May;49(5):708-718. PMID: 28319088 Continue reading
五
16
ddseq单细胞转录组数据上游处理(一)
赞！
下游分析其实跟产生单细胞转录组测序数据的protocol关系不大，反正都是表达矩阵，但是上游分析的表达矩阵如何获得，这个问题就很大程度上依赖于所采取的单细胞转录组技术了，是否使用spike-in，是否使用UMI, barcode策略是咋样的，等等，都需要考虑。
五
15
使用R包genefu来根据基因集进行表达谱分类
学习使用genefu这个包，首先需要安装它！
五
14
了解5个乳腺癌表达数据集
五
10
第17周-文献分享-韩国人做的单细胞转录组在乳腺癌病人研究
单细胞转录组揭示乳腺癌病人异质性
单细胞转录组在癌症研究领域应用价值很大，包括:
- Non-invasive monitoring of circulating tumour cells
- estimation of tumour heterogeneity
- early detection of small numbers of recurrent tumours
- sensitive monitoring of rare cell populations Continue reading
五
10
第18周-nature-新的抑癌基因LHPP
新的抑癌基因LHPP
朋友推荐了一篇新文献，发表于2018的nature，文章是：The protein histidine phosphatase LHPP is a tumour suppressor 阐述了一个新的抑癌基因的发现及功能。
是 通过对Hepatocellular carcinoma (HCC) 研究发现的，很奇怪，都这个年代了，还能有新的抑癌基因出现，简单的在pubmed数据库搜索了一下，的确相关文章好少。
四
29
第16周文献阅读笔记-中国人群的乳腺癌研究
中国人群的乳腺癌研究
2018年在 Nature Communications 杂志上在线发表了题为“Characterization of PIK3CA and PIK3R1 somatic mutations in Chinese breast cancer patients”的研究论文。首次揭示了中国乳腺癌人群中PI3K/AKT信号的通路突变谱系特征.
磷酸肌醇3-激酶(PI3K)途径的失调有助于肿瘤的发展和进展。研究者确定PIK3CA(44%)，PIK3R1(17%)，AKT3(15%)和PTEN(12%)中的体细胞突变在中国乳腺癌患者中普遍且多样化，并鉴定出60个新突变。**高比例的肿瘤含有多个突变，特别是PIK3CA加PIK3R1突变(9.0%)。
四
22
单细胞转录组数据发oncotarget
单细胞转录组数据发oncotarget
文章发表于：Oncotarget. 2016; 7:66069-66076. https://doi.org/10.18632/oncotarget.11803 是深圳大学及其附属罗湖医院团队做的，在BGI测序是。题目是：Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder 这篇文章就一幅图！！！而且是对一个病人拿的单细胞。 Continue reading
四
15
生活中有的是意外
明天和意外，哪一个先到来呢？
在运行picard的时候，总是报错，如下；
To get help, see http://broadinstitute.github.io/picard/index.html#GettingHelp
Exception in thread "main" picard.PicardException: Start on sequence 'chr10' was past the end: 133797422 < 133805459
从字面上很难理解， 我查看了一些，最新版的hg38基因组里面的10号染色体长度是133797422 ，那么为什么我的bed文件里面会超出呢？
四
12
对银屑病使用WES加上panel做GWAS
对银屑病使用WES加上panel做GWAS
这项研究2013年10月发表于Nature Genetics杂志，文章是 A large-scale screen for coding variants predisposing to psoriasis Continue reading
四
12
科学家成功构建膀胱癌类器官
科学家成功构建膀胱癌类器官
背景介绍
肿瘤类器官是近些年的研究热点，基本都是CNS文章，见：肿瘤类器官研究发展大事件 同样，今天要介绍的这篇文章发表于2018年的CELL杂志：Tumor Evolution and Drug Response in Patient-Derived Organoid Models of Bladder Cancer30297-6).
三
29
在KRAS-TRP53基因驱动的LADC依赖于rRNA的合成依赖于Ect2基因
在KRAS-TRP53基因驱动的LADC依赖于rRNA的合成依赖于Ect2基因
今天JC的时候，同学分享的是一个比较难懂的文章，我尝试着follow她，但失败了。文章发表于2017年1月的CELL，是 Ect2-Dependent rRNA Synthesis Is Required for KRAS-TRP53-Driven Lung Adenocarcinoma , 里面太多陌生的名词，如下： Continue reading
三
28
找个motif嘛，简单
我在生信菜鸟团发布的自学CHIP-seq分析第八讲就提到过如何寻找motif，motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都会寻找motif 。查找有两种：
三
28
单细胞系列停更通知及组建单细胞数据分析交流小组
跟单细胞结缘已久，早在三年前我还是药厂生信工程师的时候就接触过一些前沿团队，听了他们的讲座后我就下意识的搜索了相关资料，了解到了欧洲的EMBL-EBI在组建十几个单细胞研究中心，也在全球范围内招聘RA和博士生，当时还把那些招募信息发送给了在南科大的学生，希望他们可以赶上这个机会。 Continue reading
三
27
使用R语言完成表达芯片处理全流程视频上线
三
27
GATK4操作文档
很容易谷歌搜索就可以找到最新版教程：https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/quickstart 我就不做文档搬运工了，感兴趣自己看原文，目录如下：
三
26
bulk转录组数据的基因表达变化情况探索
一般来说可以用CV或者MAD来衡量某基因在某些样本的表达变化情况。
标准差与平均数的比值称为变异系数，记为C.V(Coefficient of Variance)。 变异系数又称“标准差率”，是衡量资料中各观测值变异程度的另一个统计量。 当进行两个或多个资料变异程度的比较时，如果度量单位与平均数相同，可以直接利用标准差来比较。
平均绝对误差（Mean Absolute Deviation），又叫平均绝对离差，它是是所有单个观测值与算术平均值的偏差的绝对值的平均。
用下面的代码可以看看，标准差，平均数，变异系数， 平均绝对误差的关系，如下: Continue reading