前面我们提到过broad开发了工具来对单细胞转录组数据计算CNV及绘制热图，因为这个方法学本来就是他们建立起来的。
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Category Archives: 未分类
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使用inferCNV来推断2014的science关于GBM文章的单细胞转录组数据的拷贝数情况
前面我们介绍了单细胞转录组表达矩阵可以推断CNV的文献出处及历史，也简单过了broad开发的inferCNV软件，在其提供的测试数据上面成功运行了，也测试了airway这个转录组数据，还测试了CCLE数据库的RNA-seq和microarray数据，发现效果都不好，也暂时没能搞清楚问题出在哪里。
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使用inferCNV来推断CCLE转录组数据的拷贝数变异
前面我们介绍了单细胞转录组表达矩阵可以推断CNV的文献出处及历史，也简单过了broad开发的inferCNV软件，在其提供的测试数据上面成功运行了，也测试了airway这个转录组数据，但是效果不好，现在看看CCLE数据库的测试结果吧，比较文章里面对之进行过同样的处理。
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三
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使用inferCNV来推断airway转录组数据的拷贝数变异
使用inferCNV来推断airway转录组数据的拷贝数变异
前面我们介绍了单细胞转录组表达矩阵可以推断CNV的文献出处及历史，也简单过了一半broad开发的inferCNV软件，但是只运行了其测试数据，远远不够。
现在我们来，使用inferCNV来推断airway转录组数据的拷贝数变异，其实主要就是如何制作input文件给inferCNV这个软件，要制作的数据文件如下：
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使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据推断CNV信息
使用broad出品的inferCNV来对单细胞转录组数据推断CNV信息
软件项目地址： https://github.com/broadinstitute/inferCNV.git
我在 https://mp.weixin.qq.com/s/Qns9TCSgNg_CQuwQxQbVnw 里面讲到了对单细胞转录组数据推断CNV信息的历史文献。其实看懂那些文件的补充材料的对单细胞表达矩阵的处理描述后是可以自己写代码来分析的，但是难度有点大，我们先来体验一下作者的软件。
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PRC复合物抑制或者激活的那些基因干扰了单细胞的基因表达
PRC复合物抑制或者激活的那些基因干扰了单细胞的基因表达
这应该是关于PRC复合物的第一篇单细胞转录组数据吧，文章是2016年10月接收的，Flipping between Polycomb repressed and active transcriptional states introduces noise in gene expression Continue reading
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我们为什么要写博客
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科研绘图交流
科研绘图交流
常言道：一图胜千言
是时候总结一波读者来信了，稍微统计了一下问题列表，不意外，就是关于某某图如何画这样的问题遥遥领先。以前我们公众号还刻意出过几个绘图业务给大家，如下：
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linux学习，看下面的教程
如果你真心对计算机感兴趣，我才会推荐你，看马哥linux视频！！！
在生信技能树的公众号后台回复马哥即可获取视频
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PDGF-DD作用于NK细胞
PDGF-DD作用于NK细胞
文章是：Natural Killer Cells Control Tumor Growth by Sensing a Growth Factor ，PMID:29275861 DOI:10.1016/j.cell.2017.11.037 研究发现了NK细胞通过监测生长因子PDGF-DD控制肿瘤生长。 Continue reading
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使用rmarkdown来制作html报表
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小鼠表达芯片数据整合分析
十一
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WES技术找突变的黑名单
文章作者通过分析 dbSNPv138 and ESP6500 数据库之后找到了 100个高频突变基因，然后跟其它几个数据库进行比较。文章题目是：FLAGS, frequently mutated genes in public exomes，https://bmcmedgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12920-014-0064-y
十一
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生信技能树论坛的生信基础板块-统计学
如果你是最近关注我们，你将又知道一个学习生信的好地方；
如果你是一直关注我们，你肯定对这个地方不陌生；
那就是我们的生信技能树论坛(附上网址：http://www.biotrainee.com/forum.php)。
本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
今天给大家推送：生信基础板块-统计学
作者：王HH
十一
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使用cnvkit来对大批量wes样本找cnv
cnvkit被设计来处理同一个批次的多个肿瘤配对样本测序情况，首先对所有的normal数据进行bin处理拿到背景值，然后就这个背景值来处理所有的tumor测序数据计算拷贝数变异情况。
该软件使用比较复杂，建议读一读官网教程。所有的命令都被包装到一个python脚本里面，使用该脚本调用一系列字命令，如下：
十一
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生信技能树论坛的生信基础板块-在线应用-网页版工具
本周专题是介绍
生信技能树论坛的生信基础板块，本篇是其中的“在线应用-网页版工具“版块，会对目前此子版块中的文章进行一个汇总整理（截止2017.11.26）。
本章节作者：hope
十一
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生信技能树论坛-生信基础版块介绍-计算机基础
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本周我们将为大家带来论坛-生信基础版块的介绍。
今天给大家推送：计算机基础
作者：华农-钱胜
十一
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生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础
# 生信技能树论坛-生信基础版块介绍-生物学基础
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今天给大家讲解：生物学基础板块
作者：lakeseafly
十一
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生信技能树论坛-生信基础-医疗相关应用板块导读
十一
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生信完全入门线路图及资源大全
生信完全入门线路图及资源大全
成为一个合格的生信工程师必经之路
6大基础知识的掌握
首先你需要了解一些测序基础知识，生物学基础知识，这个主要靠自己看，还有平时多积累。 Continue reading