来自于我们生信技能树论坛的超级版主bioinfo.dong的好文一篇，比较符合我博客的思想，就友情转发一下：

原文链接见：http://www.biotrainee.com/thread-379-1-1.html 

刚接触生信的同学大都有个困惑，知道生物信息可能需要编程，可是选择什么语言呢？有人会说perl啊，Python啊，R啊，java啊，等等等等。目的不一样，选择也不一样，你可以说语言都没有区别，达到目的就行，当然没问题。可是我们也要知道每种语言都有其独特优势，你可以用perl倒腾出矩阵运算，也可以画出想要的图，可是没有R专业；你也可以用R的正则表达式处理文本，可是perl或者Python做正则会更方便一些。这不是比较帖，只是从一个Python体验者的角度来说一下为什么选择Python。我目前的编程组合是Python+R+Shell Scripting。

这篇文章比较适合编程初学者，常年用perl的老司机们可以随便看一下，虽说perl和Python很像，有了一门的基础，学另一门就容易多了，可是真让一个用了几年perl的人彻底换Python还是比较困难的，主要还是习惯问题。最初做生信的人大都以perl作为常用脚本语言。我也是从perl开始的，当年为了申请出国读Bioinformatics，认真把小骆驼书看了一遍。来美国之后的第一个导师刚好是教perl的，我又跟着学了一次，看完导师推荐的《Unix and Perl to the Rescue》，算是巩固加第二次入门。之后一年基本都是用perl来处理数据。一个偶然的机会，同学说一起学学Python吧，听说很好用，于是就在网上找了个教程把题目刷了一遍。虽说入了门，可是每次项目赶时间的时候第一个想到的还是用perl来解决，所以入门很久也没啥长进，我亲爱的同学因为perl用的太好，虽然知道Python很好用，可始终没法狠心转过来，而我因为本身perl学得也只是半斤八两，纠结了一段时间也就彻底放弃perl了。

先说用了很长时间perl再用Python觉得不习惯的点。

（1）首先是动物园的书，《learning perl》真是入门的典范。再看《Learning Python》，几千页，那么厚，我到现在也没法认真看下去。
（2）另外perl语句比较简洁，几个符号就可以讲清楚的，Python可能需要几行，比如按行读取，perl只要while(<>)就可以，而最初学Python的时候，光这个问题就困扰了很久。再比如perl正则匹配的$1, Python是match.group(1)。perl的简洁伴随的缺点是可读性较差，自己的代码写完了都不想再看，更不要说别人写的。
（3）perl的正则表达式是真的非常厉害，我已经不记得是怎么厉害的了，就只记得Python的re module刚开始接触不太好用，不过现在已经感觉不出区别了。
（4）通常一个Python脚本需要很多modules，不熟悉之前会觉得很痛苦，perl就比较少用到，我总共也没用几次，一方面说明我的perl确实学得不好，另一方面可能也真是不太好用，看到就觉得麻烦。但Python的modules一旦熟悉了会大大提高工作效率。

重点说一下Python的优点。Python作为编程语言真正的优势比如面向对象编程（OOP），可移植/扩展/嵌入，强大的爬虫功能，APP开发，web开发等都不在讨论范围之内，只从最实用的角度做一下说明：
（1）简单，适合作为入门语言。很多时候觉得读Python的代码像是在读简单的英文，或者觉得pseudocode稍微一改就可以在Python里run了。Python还规范了很好的写作格式，该缩进的必须缩进，这样更增强了可读性。同时提高了代码重复利用的可能（很多时候perl代码写完就不想读了，三个月不用再回来已经看不太懂了，Python的就可以留着慢慢用。。。）
（2）Python社区活跃。有问题可以很容易搜索到解决方案。我perl的老师现在也转教Python了，问他为什么，他说perl的community不活跃，用Python是一种趋势
（3）作为开源语言，Python有很多非常好用的包，可以最大程度让我们避免把时间浪费在重复造轮子上。刚接触Python的时候我就觉得这简直是perl和R的整合，之前提过Python的scipy，numpy，pandas，matlibplot等等packages使其同样拥有了很强大的统计画图功能，我曾一度弃用R，用Python做所有的数据处理，数据分析和画图。不过现在又将这些工作交回了R，实验室本身是做统计的，用R显得入流一点：-）
（4）Python的jupyter notebook！！！这个是要强力推荐的！！！以前叫ipython notebook。用过R的都知道R Studio。jupyter notebook就是Python的Studio。以前写perl或者Python是不是这样的流程：写好了，存成.pl或.py格式，在shell里python xxx.py或者perl xxx.pl。运行完发现不好，有bug，打开文件找找bug在哪，再运行，还不行，唉，反反复复，好累。有了jupyter notebook你就可以边写边跑边改程序。有任何不确定的地方，都可以在notebook里直接测试，有任何bug都可以在notebook里直接改。简直方便到爆。现在用Anaconda安装jupyter还附赠很多包，方便又实惠。
（5）学好Python可以转行！！！跳出生物坑，奔向美好的互联网坑。前面提到的爬虫，APP开发，web编程都是很实用的技能。许多互联网公司也会专门招Python程序员，比如Google，比如Youtube，比如Dropbox。。。

我本专业是Bioinformatics，需要上一些计算机和统计的研究生课程，还记得算法课上老师第一节课就问，java和C++都会吧，如果不会的话Python总会吧，都不会的话这门课的作业写不了。就因为觉得自己还算会一点Python，把一次学习java的好机会浪费掉了

暂时就想到这么多。说的未必对。都是自己的体会吧。希望对初学者有用～