生信菜鸟养成手册
背景:生物小本,懂做一些分子实验,了解一些生物背景知识。
目标:成为生信菜鸟,找到一份生物信息学相关的工作。
1、计算机基础(linux+perl+R 或者 python+matlab)
2、生信基础知识(测序+数据库+数据格式)
3、生信研究领域(全基因组,全转录组,全外显子组,捕获目标区域测序)
4、生信应用领域(肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗)
生信菜鸟养成手册
背景:生物小本,懂做一些分子实验,了解一些生物背景知识。
目标:成为生信菜鸟,找到一份生物信息学相关的工作。
1、计算机基础(linux+perl+R 或者 python+matlab)
2、生信基础知识(测序+数据库+数据格式)
3、生信研究领域(全基因组,全转录组,全外显子组,捕获目标区域测序)
4、生信应用领域(肿瘤筛查,产前诊断,流行病学,个性化医疗)
Trinity进行转录组组装的使用说明
一:下载安装该软件
去官网下载trinity并解压安装 http://trinityrnaseq.github.io/
安装非常简单,一个make即可
这个软件比较大,约150M。所以安装需要一会时间,以下是安装进程日志,可以看出trinity这个软件安装的同时还附带着好几个测序一起安装进来了。
RSeQC对 RNA-seq数据质控
一:下载安装该软件
wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download
tar zxvf RSeQC.tar.gz
cd RSeQC-2.5/
进入目录查看文件内容如下,看到了setup.py,所以知道这个是一个python的包,需要安装到python的库下面。