转录组cufflinks套装的使用
cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个
Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件
cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测多个样本可能会需要
cuffdiff算出分组的bam文件里面的差异基因。
一：下载安装该软件
是二进制版本，找到网址，然后用wget下载，解压即可使用
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Daily Archives: 2015年3月14日
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转录组比对软件tophat的使用
转录组比对软件tophat的使用
为什么要用这个软件？：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat
它做了什么？：tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因组上面，并且输出了bam（二进制的sam）文件比对结果给我们。（fastq--->bam）
一：下载安装该软件
其实一般的生信服务器自然会有高手给安装好了，你只需调用即可，这里我给大家演示一下如何安装。
wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.0.13.Linux_x86_64.tar.gz
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仿写fastqc软件的部分功能-perl代码
仿写fastqc软件的部分功能（上）
前面我们介绍了fastqc这个软件的使用方法 http://www.bio-info-trainee.com/?p=95 ，这是一个java软件，但是有些人服务器没有配置好这个java环境，导致无法使用，这里我贴出几个perl代码，也能实现fastqc的部分功能
统一测试文件是illumina的phred33格式的fastq文件，共100000/4=25000条reads，读长都是101个碱基
程序名-fastq2quality.pl
使用命令：perl fastq2quality.pl SRR504517_1.fastq >quality.txt
功能： 把fastq格式的每条原始reads的第四行ascii码质量值，转换为Q值并输出一个矩阵，有多少条reads就有多少行，每条reads的碱基数就是列数。