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转录组edgeR分析差异基因

转录组edgeR分析差异基因

edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度,改进了推断的可靠性。该方法甚至能够用最小重复水平使用,只要至少一个表型或实验条件是重复的。该软件可能具有测序数据之外的其他应用,例如蛋白质组多肽计数数据。可用性:程序包在遵循LGPL许可证下可以从Bioconductor网站。

一:下载安装该软件

下载安装edgeR这个R包,因为这是一次讲R包的下载,我就啰嗦一点,这种生物信息学的包不同于普通的R包,是需要用biocLite来安装的,命令如下

转录组edgeR分析差异基因304

 

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转录组HTseq对基因表达量进行计数

转录组HTseq对基因表达量进行计数

一:下载安装该软件

下载htseq这个python模块安装解压包,依赖于很多python的其它安装包及库,模块,我最讨厌python了,在有些电脑上特别难安装,而且服务器还有权限的问题。

解压进入该目录,输入 python setup.py   install  --user  记住,是- - 而不是—

这样只是把这个软件安装到自己的目录

安装完毕后,会出现这两个程序,在自己的python库里面,可以直接调用这两个程序的,我这里它们的路径是 .local/bin ,很奇怪的一个路径,我也是用find命令才找到的

转录组HTseq对基因表达量进行计数451

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