转录组edgeR分析差异基因
edgeR是一个研究重复计数数据差异表达的Bioconductor软件包。一个过度离散的泊松模型被用于说明生物学可变性和技术可变性。经验贝叶斯方法被用于减轻跨转录本的过度离散程度，改进了推断的可靠性。该方法甚至能够用最小重复水平使用，只要至少一个表型或实验条件是重复的。该软件可能具有测序数据之外的其他应用，例如蛋白质组多肽计数数据。可用性：程序包在遵循LGPL许可证下可以从Bioconductor网站。
一：下载安装该软件
下载安装edgeR这个R包，因为这是一次讲R包的下载，我就啰嗦一点，这种生物信息学的包不同于普通的R包，是需要用biocLite来安装的，命令如下
转录组HTseq对基因表达量进行计数
一：下载安装该软件
下载htseq这个python模块安装解压包，依赖于很多python的其它安装包及库，模块，我最讨厌python了，在有些电脑上特别难安装，而且服务器还有权限的问题。
解压进入该目录，输入 python setup.py install --user 记住，是- - 而不是—
这样只是把这个软件安装到自己的目录
安装完毕后，会出现这两个程序，在自己的python库里面，可以直接调用这两个程序的，我这里它们的路径是 .local/bin ，很奇怪的一个路径，我也是用find命令才找到的
仿写fastqc软件的一些功能(下)
文件来自于上面perl代码的输出文件，好像算法有点问题，26G的文件居然处理近一个小时才出数据！
R语言本身自带的画图工具都很丑，懒得说了，可以用ggplot2来重新画一个，不是项目要求没有报酬我就懒得画了，大家面前看看画图原理即可。
转录组cufflinks套装的使用
cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个
Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件
cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测多个样本可能会需要
cuffdiff算出分组的bam文件里面的差异基因。
一：下载安装该软件
是二进制版本，找到网址，然后用wget下载，解压即可使用
转录组比对软件tophat的使用
为什么要用这个软件？：因为转录组reads比对到基因组reads用bwa和bowtie的效果都不够好，所以我们选择tophat
它做了什么？：tophat把测序的转录组的原始reads比对到了参考基因组上面，并且输出了bam（二进制的sam）文件比对结果给我们。（fastq--->bam）
一：下载安装该软件
其实一般的生信服务器自然会有高手给安装好了，你只需调用即可，这里我给大家演示一下如何安装。
wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.0.13.Linux_x86_64.tar.gz
仿写fastqc软件的部分功能（上）
前面我们介绍了fastqc这个软件的使用方法 http://www.bio-info-trainee.com/?p=95 ，这是一个java软件，但是有些人服务器没有配置好这个java环境，导致无法使用，这里我贴出几个perl代码，也能实现fastqc的部分功能
统一测试文件是illumina的phred33格式的fastq文件，共100000/4=25000条reads，读长都是101个碱基
程序名-fastq2quality.pl
使用命令：perl fastq2quality.pl SRR504517_1.fastq >quality.txt
功能： 把fastq格式的每条原始reads的第四行ascii码质量值，转换为Q值并输出一个矩阵，有多少条reads就有多少行，每条reads的碱基数就是列数。
用R语言画3D条形图
我暂时找到的能画3D条形图的R语言包就有四个，接下来我们分别比较一下它们的优劣
library(rgl)
library(scatterplot3d)
library(epade)
library(latticeExtra)
数据塑形包（reshape2）也需要加载
生信菜鸟养成手册
背景：生物小本，懂做一些分子实验，了解一些生物背景知识。
目标：成为生信菜鸟，找到一份生物信息学相关的工作。
1、计算机基础（linux+perl+R 或者 python+matlab）
2、生信基础知识（测序+数据库+数据格式）
3、生信研究领域（全基因组，全转录组，全外显子组，捕获目标区域测序）
4、生信应用领域（肿瘤筛查，产前诊断，流行病学，个性化医疗）
Trinity进行转录组组装的使用说明
一：下载安装该软件
去官网下载trinity并解压安装 http://trinityrnaseq.github.io/
安装非常简单，一个make即可
这个软件比较大，约150M。所以安装需要一会时间，以下是安装进程日志，可以看出trinity这个软件安装的同时还附带着好几个测序一起安装进来了。
RSeQC对 RNA-seq数据质控
一：下载安装该软件
wget http://sourceforge.net/projects/rseqc/files/RSeQC-2.5.tar.gz/download
tar zxvf RSeQC.tar.gz
cd RSeQC-2.5/
进入目录查看文件内容如下，看到了setup.py，所以知道这个是一个python的包，需要安装到python的库下面。
fastqc软件的使用
一：下载安装该软件
具体搜索其地址下载，fastqc是一个java软件，下载后可以直接使用，但是需要自行配置好java环境，具体配置方法，见linux下java配置。
菜鸟建站教程三部曲
门牌号(域名)——房间（主机）——装修（网站源码）
在没有拥有自己网站之前，我曾无数次害怕过这个过程，以为会有各种各样的麻烦，需要学html、sql、php、javascript、Dreamweaver、需要花大量的时间写程序，需要花大笔的金钱去买域名买空间，而且买到域名和空间也不知道还会有哪些步骤，一切的一切都看起来是那么的困难。而今回首，才发现，整个过程居然只有一个小时即可！！！
NCBI的taxid简单介绍
物种的信息集合都在它的NCBI的taxid号里面，在NCBI里面关于它的英文介绍地址如下 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/guide/taxonomy/ ，NCBI人为的给自然界所有的物种都给了一个编号，这个编号就是taxid，是根据计算机里面树这种数据结构来编码的，其中人类的编号是 9606，7227是果蝇，我们只需要进入这个物种的taxid里面就能看的关于它的一切NCBI存在并且收集好的信息。
wordpress安装代码高亮插件
能做到代码高亮的插件实在是太多了，我这里随便选择一个。首先在wordpress的插件里面查找SyntaxHighlighter Evolved这个插件。
NCBI的blast++软件的使用
目录
一：下载安装该软件
二：准备数据
三：运行命令
四：输出文件解读
正文
一：下载安装该软件
在NCBI的ftp站点里面可以找到blast++的下载链接
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz Continue reading
搜索其他学者的RNA数据处理流程（包括原始数据、脚本、中间文件）
一：原始数据
是谷歌里面无意中搜索到的，是某个物种的RNA数据，不是很大，但是里面有所有的分析流程，非常方便，对原始reads进行了组装，和注释。
http://moana.dnsalias.org/~sgeib/Anth_RNAseq/Run2.1/RawData/
打开网址可以看到raw data的下载链接
阅读文献并下载原始数据知illumina的Chip-seq数据
目录
一：阅读文献找到总实验项目
二：在根据实验项目地址找到所有实验数据的下载地址
三：构造脚本并下载
四：用sra-toolkit工具解压
正文
一：阅读文献找到总实验项目
该chip-seq数据其实隶属于一个大的实验项目组，其下载地址如下http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52964
阅读文献并下载原始测序数据之helicos转录组数据
目录
正文
一、阅读pdf文献，并找到原始数据搜索关键词
可以看到它的下载索引是SRP003040，阅读文献可知其包含4种细胞的6种处理方式的转录组数据
希望有在深圳的生信从业人员或者学生能看到此广播，我们可以组成兴趣小组交流一下各自所学，或者合作翻译一些技术文档或者制作生信常用软件的使用说明书。
简单介绍一下本人，精通perl和R，勉强可以使用python和matlab，熟练生信的linux环境配置及各大软件的配置。熟练使用基因组及转录组的大部分软件。
现在计划对一些生信入门资料做简单整理，包括以下五个部分内容，及自己的一些随笔。
慢慢的我都会把这些制作一个简易介绍文档，如果兴趣小组规模足够大，我们也可以制作精美ppt。希望找到深圳生信朋友我们一起交流，一起合作，一起进步。
因为反正做生信的不用加班，平时跑个代码也不忙，有很多时间可以研究技术，而且这种技术跟着大家一起学是最快的，而且现场交流非常方便，平时周六日什么的大家可以聚会一起玩，最好不要是华大的，不是歧视他们，主要是太偏僻了。
有意者联系我QQ1227278128，或者直接打给我电话也行，15314025716。
