四 01

重复序列屏蔽第一讲RepeatMasker的一些参数调试

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

这是很久以前的一篇文章，我先贴出来给大家看看，然后讲一个实例

一：RepeatMasker的一些参数运行结果比较

从ncbi随便下载的zebrafish的一条sequence.fasta

不加上任何参数跑出来结果是 RepeatMasker sequence.fasta

加上物种的参数之后跑出来是： RepeatMasker -species Danio sequence.fasta

效果里面出来了，之前得到的重复序列不到10%，这次可以达到70%以上，所以必须得选好对应的物种，这样才不会错过那么多要找的重复序列

再加上-low这个参数是 RepeatMasker -species Danio -low sequence.fasta

感觉没有改变多少，就少了几个

比较-div参数：RepeatMasker -species Danio sequence.fasta

RepeatMasker -species Danio -div 10 sequence.fasta

而加上-div 10之后

第二列小于10%的全部被剔除掉了

输出参数，本来应该是用N把重复区域屏蔽掉的

但是如果加上参数-x，原来输出是N的地方就都变成了X，感觉这个参数没啥子意义。

还有一些类似的参数，意义也不大，加上-xsmall，就是把重复区域用小写字母，不再需要N来掩盖了

如果加上-a这个参数，就多了一个文件

查看可知其内容是

The alignments are in the cross_match/SWAT format, in which mismatches rather than matches are indicated: transitions

with an i and transversions with a v. Note it exists some differences between the alignment file and the map fi le.

The map fi le is produced by ProcessRepeats that the main task is to defragment the original map file and the alignment fi le is created from the original map fi le: the difference between them comes from the defragmented hits.
如果加上-poly，也会多出一个文件

查看，可知其单独列出了微卫星的表格

The ‘-xm’, ‘-ace,’ and ‘-gff ’ options create an additional out put file in cross match, ACeDB, and Gene Feature Finding format respectively.这几个参数都是为了生成适合其它处理的文件。

另外针对大文件的操作，可能需要-pa来设置运行速度，或者-s，-q，-qq

二：生成的文件的解释

会输出这些文件

1，。Out类文件

SW score	根据Smith-Waterman算法比对的分值	2555
Div%	比上区间与共有序列相比的替代率	5.7
Del%	在查询序列中碱基缺失的百分率(删除碱基)	0.0
Ins%	在repeat库序列中碱基缺失的百分率(插入碱基)	0.0
Query sequence	输入的待屏蔽重复的序列	gi\|211853417\|emb\|CU633477.14\|
Position begin		373
Position end		690
Query left	在查询序列中超出比上区域的碱基数 += 比上了库中重复序列的正义链，如果是互补连用“c”表示	(50140)
Matching repeat	比上的重复序列的名称	C DNA13TA1a_DR
Repeat family(class)	比上的重复序列的类型	DNA/TcMar-Tc1
Position begin
Position end
Query left	比对区域距重复序列左端的碱基数
	比对的顺序ID

3.cat文件基本类似于。Out文件
3。。Tbl类文件

4.masked文件，就是找到的重复序列被N给代替了，或者用参数改变代替形式

polyout文件。就是单独列出了微卫星表格

Align文件，其实就是把之前的。Out文件的每一行记录单独拿出来再进行表格化解释

把373到690的核苷酸序列列出来，说明这个DNA13TA1a_DR 重复具体的意义

但是没看懂这个i，v是什么意思

结果比较

从ncbi随便下载的zebrafish的一条sequence.fasta

不加上任何参数跑出来结果是 RepeatMasker sequence.fasta

加上物种的参数之后跑出来是： RepeatMasker -species Danio sequence.fasta

效果里面出来了，之前得到的重复序列不到10%，这次可以达到70%以上，所以必须得选好对应的物种，这样才不会错过那么多要找的重复序列

四 01

Perl及R及python模块碎碎念

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

老实说，模块其实是一个很讨厌的东西，但是它也实实在在的节省了我们很多时间，也符合我的理念：避免重复造轮子！此教程可能过期了，请直接看最新版(perl模块安装大全)

1，perl的那些模块

如果有root权限，用root权限

进入cpan然后install ExtUtils::Installed模块

这样就可以执行instmodsh这个脚本了，可以查看当前环境下所有的模块 Continue reading →

四 01

R的包（package）

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

关于R语言包的一些操作，挺重要的！！！

R的包（package）通常有两种：
1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。

以下一些常用的包相关的函数：
.libPaths()：查看包的安装目录

ls('package:ggplot2')可以查看该包里面所有的函数
library()：查看已经安装的包目录
library(mypackage)：载入mypackage包

getOption("defaultPackages")：查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的帮助
args(function)：查看函数的参数
example(function)：自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
demo("package")：展示一些包中demostration，需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽。
更新：
search()：查看当前载入的包

sessionInfo()：查看R中载入的包
methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）

showMethods(class = "myClass")：查看S4类的方法

findMethods("myMethods")：查看method的代码

class(myObject)：查看某个对象的类
getClass(“class/package”)：查看某个class或者包的具体内容

getSlots("class")：查看某个class的slot

slotNames(MyObject)：查看某个对象的slot。

可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。
查询包内信息：1. ?function/method：查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
2. class?graph::graph：查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入??graph后出现一个graph::graph-class。
ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1 在终端输入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法，需要解决包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装过程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函数安装
回答：可以使用install.packages()函数安装，而且比较简便，即联网即可装，装了就可用。
# R
> install.packages('mypackage')

回答2：可以使用install.packages()安装本地下载的包，尤其适用于在服务器上安装包

$ R

> install.packages( c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))
3 Bioconductor的安装方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

4 卸载package

remove.packages("mypackage")

5 查看R及其package的version

R version: version 或者 R.version

R package version:

6 更新包

update.packages( ) 可以定期执行以下

7 使用别人安装的包

修改.bashrc文件，添加环境变量R的lib路径

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函数查看lib路径，如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下

四 01

ubuntu服务器解决方案第十讲–虚拟机屏幕及联网设置

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

很多人可能并没有自己的服务器，那么就只能通过虚拟机来试试ubuntu啦

我想起来我以前玩虚拟机的时候遇到过一些困难，记录了一些，分享给大家， Continue reading →

四 01

ubuntu服务器解决方案第九讲-mysql和apache的安装

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

很多时候大家的服务器可能并不是想联网，只是想玩一下，或者只是因为生信的某些软件要求数据库，所以大家可能会单独安装mysql，或者想学习perl的CGI模块，需要apache。

ubuntu上安装mysql

非常简单只需要几条命令就可以完成。

1. sudo apt-get install mysql-server

2. sudo apt-get install mysql-client

3. sudo apt-get install libmysqlclient-dev

安装过程中会提示设置密码什么的，注意设置了不要忘了，安装完成之后可以使用如下命令来检查是否安装成功：

sudo netstat -tap | grep mysql

通过上述命令检查之后，如果看到有mysql 的socket处于 listen 状态则表示安装成功。

登陆mysql数据库可以通过如下命令：

mysql -u root -p

-u 表示选择登陆的用户名， -p 表示登陆的用户密码，上面命令输入之后会提示输入密码，此时输入密码就可以登录到mysql。

Ubuntu上安装Apache

在Ubuntu上安装Apache，有两种方式：1 使用开发包的打包服务，例如使用apt-get命令；2 从源码构建Apache。本文章将详细描述这两种不同的安装方式。

方法一：使用开发包的打包服务——apt-get

安装apache，在命令行终端中输入一下命令：

$ sudo apt-get install apache2

安装完成后，重启apache服务，在命令行终端中输入一下命令：

$ sudo /etc/init.d/apache2 restart

可能会出现的问题1： NameVirtualHost *:80 has no VirtualHosts，

出现上述问题的原因：定义了多个NameVirtualHost，故将/etc/apache2/ports.conf中的NameVirtualHost *:80注释掉即可。

可能会出现的问题2： Could not reliably determine the server's fully qualified domain name, using 127.0.1.1 for ServerName

原因：

根据提示，无法可靠的确定服务器的有效域名，使用127.0.1.1作为服务器域名。应此，在下面的测试中，应该使用127.0.1.1，而不是127.0.0.1！

解决：

$ vim /etc/apache2/httpd.conf，在文件中添加：

ServerName localhost:80，再次重启apache2，就可以使用127.0.0.1来访问web服务器啦！

测试：

在浏览器里输入http://localhost或者是http://127.0.0.1，如果看到了It works!，那就说明Apache就成功的安装了，Apache的默认安装，会在/var下建立一个名为www的目录，这个就是Web目录了，所有要能过浏览器访问的Web文件都要放到这个目录里。

四 01

ubuntu服务器解决方案第八讲–网络服务器配置lamp

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

主流的网络服务器配置就是linux+apache+mysql+php咯，简称LAMP

在ubuntu系统里面安装这个是非常easy的

sudo apt-get install apache2 mysql-server mysql-client php5 php5-gd php5-mysql Continue reading →

四 01

ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

此教程可能过期了，请直接看最新版(perl模块安装大全)

前面我简单写了一个perl的cpan安装模块，但是前些天突然发现有些perl模块在cpan里面找不到，所以又总结了一下不同的perl模块安装方法。 Continue reading →

四 01

ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

在我的第一讲里面，对JAVA的安装，其实就需要添加环境变量，大家可以回头看看！

添加PATH环境变量，第1种方法：

[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH

再次查看：

[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH

/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin

说明添加PATH成功。

上述方法的PATH 在终端关闭后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH，也可以修改家目录下的.bashrc(即：~/.bashrc)。

第2种方法：需要管理员权限。

# vim /etc/profile

在最后，添加:

export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"

保存，退出，然后运行：

#source /etc/profile，不报错则成功。

四 01

ubuntu服务器解决方案第五讲-配置ssh供远程登录

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

同样，这个ssh也非常简单

sudo apt-get install openssh-server

SSH分客户端openssh-client和openssh-server

如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client（ubuntu有默认安装，如果没有则sudo

apt-get install openssh-client），如果要使本机开放SSH服务就需要安装openssh-server

sudo apt-get install openssh-server

然后确认sshserver是否启动了：

ps -e |grep ssh

如果看到sshd那说明ssh-server已经启动了。

如果没有则可以这样启动：sudo /etc/init.d/ssh start 或者 service ssh start

ssh-server配置文件位于/etc/ssh/sshd_config，在这里可以定义SSH的服务端口，默认端口是22，你可以自己定义成其他端口号，如222。

然后重启SSH服务：

sudo

/etc/init.d/ssh stop

sudo /etc/init.d/ssh start

然后使用以下方式登陆SSH：

ssh username@192.168.1.112 username为192.168.1.112 机器上的用户，需要输入密码。

我给七八个虚拟机都配置成功了，但是呢，偏偏别人的一个我始终不能解决，感觉linux里面的学问还是蛮多的

四 01

ubuntu服务器解决方案第四讲-输入法-中文

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

这个主要是针对有界面的服务器来说的，不是我们通常意义的ssh登陆，一般ssh登陆的可以把中文复制张贴进去即可。

Ubuntu上的输入法主要有小小输入平台（支持拼音/二笔/五笔等），Fcitx，Ibus，Scim等。其中Scim和Ibus是输入法框架。

在Ubuntu的中文系统中自带了中文输入法，通过Ctrl+Space可切换中英文输入法。这里我们主要说下Ubuntu英文系统中，中文输入法的安装。

安装输入法的第一步，是安装语言包。我们选择System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages，这里面可以选择简体中文

输入密码后，系统会安装简体中文语言包。

第二步，安装完毕后切换到终端，安装IBus框架，在终端输入以下命令：

sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4

启动IBus框架，在终端输入：

im-switch -s ibus

安装完IBus框架后注销系统，保证更改立即生效。

第三步：安装拼音引擎

有下面几种常用选择：

IBus拼音：sudo apt-get install ibus-pinyin

IBUS五笔：sudo apt-get install ibus-table-wubi

谷歌拼音输入法：sudo apt-get install ibus-googlepinyin

Sun拼音输入法：sudo apt-get install ibus-sunpinyin

第四步：设置IBus框架

终端输入ibus-setup 此时，IBus Preference设置被打开。我们在Input Method选项卡中，选择自己喜欢的输入方式，并配置自己喜欢的快捷键即可。

第五步：通常情况下，IBus图标（一个小键盘）会出现在桌面右上角的任务栏中。有时候这个图标会自行消失，可使用以下命令，找回消失的IBus图标：

ibus-daemon –drx

四 01

ubuntu服务器解决方案第三讲-perl最新版的安装

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

理论上perl是不需要更新，但是我就不巧碰到了这个情况，所以也记录一下

linux下升级系统默认安装的perl版本，不建议先rm

先下载tar.gz ...然後手动安装..default 安装到/usr/local/目录下..

然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl

下载方式不用说了吧，各显神通，笔者习惯用wget.

所以wget[url]http://www.cpan.org/src/perl-5.10.0.tar.gz[/url] .现在最新是5.20

下载完以后解压安装

#tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz

#cd perl-5.10.0

#./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl

参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl

#make

#make test

#make install

如果这个过程没有错误的话，那么恭喜你安装完成了.是不是很简单？

接下来替换系统原有的perl,有最新的了咱就用嘛.

#mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak

#ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl

#perl –v

然后就可以了用它来安装一些其它你需要的perl模块了

#perl -MCPAN-e shell

第一次执行的话，会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了

cpan[1]> install DBI

四 01

ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。

ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

首先，如果你的服务器里面有旧的R，那么删除Linux Ubuntu系统中原有的R软件包，代码如下：

sudo apt-get autoremove r-base-core # 删除系统中原有的R软件包

接下来，随便找到一个Ubuntu的软件源镜像

（http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ )

因为看我教程的大部分在国内，所以我拿北京大学举例子。

当然，厦门大学也很赞，http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/xenial/ 不过，版本代号一定药搞清楚哦。

PS(2017/12/20, 没想到随便找到来一个，就挂掉了，唉：

厦门大学不再提供R语言镜像

)

Linux Ubuntu 12.04对应的名字是 precise，

ubuntu14.04，那么就应该是 trusty

ubuntu15.04 ，其代号为 vivid

Ubuntu 16.04 LTS，代号为Xenial Xerus（非洲的一种地松鼠），于UTC时间2016年4月21日正式发布。

比如我的Ubuntu 12.04就需要进入到 precise/目录，找到r-base-core相关的文件，发现有多个R的版本。

把这个软件源，增加到apt的sources.list文件中，代码如下：

deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/

其余的ubuntu版本类似即可：

在/etc/apt/sources.list文件最下面，新加一行

~ sudo apt-get update # 更新源

~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安装R语言软件包

~ R –version # 检查R的版本

这时我们就安装了最新的R语言版本—3.0.3版。

require(ggplot2)

Loading required package: ggplot2

Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’

这个失败原因是怎么回事？R 3.0.0 的问题吗？怎么解决？

R 2.x 升级 3.x 需要重新（编译）安装所有包：

update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

当然如果你不是在R里面用install.package来安装包的话

你还需要

sudo apt-get install r-base-dev

这样你才能从源代码编译R的包

但是如果你导入的R源被你的服务器拒绝，你就惨了

The following signatures couldn't be verified because the public key is not

以下签名不能因为公钥未验证

四 01

ubuntu服务器解决方案第一讲-java安装

Posted on 2015年4月1日 by ulwvfje

ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

1、JDK官网上http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择：

但是，如果你的服务器是64位的，请不要选择i586，选择你自己的机器对应的！

2、将打开终端，建立目录：

Sudo mkdir /usr/lib/java

3、将下载的 jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到这个文件夹下面并进行解压，改名字：

sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/java

sudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gz

mv jdk1.7.0_03java-7-sun

4、修改环境变量：

在终端输入：vim /etc/profile

然后添加以下代码：

export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_25

export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre

export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib

export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH

保存之后，再运行下面命令更新电脑的配置文件

source /etc/profile 这个千万要记得！！！！

5、在终端中输入 java –version，显示：

jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -version

java version "1.7.0_03"

Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)

Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)

表示安装成功

生信菜鸟团

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重复序列屏蔽第一讲RepeatMasker的一些参数调试

Perl及R及python模块碎碎念

1，perl的那些模块

R的包（package）

关于R语言包的一些操作，挺重要的！！！

ubuntu服务器解决方案第十讲–虚拟机屏幕及联网设置

ubuntu服务器解决方案第九讲-mysql和apache的安装

ubuntu上安装mysql

Ubuntu上安装Apache

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ubuntu服务器解决方案第五讲-配置ssh供远程登录

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ubuntu服务器解决方案第三讲-perl最新版的安装

ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装

厦门大学不再提供R语言镜像

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