免疫组库测序（Immune Repertoire Sequencing，IR-Seq）是非常小众的产品，并不属于TCGA的7种数据（WGS,WES,RNA-seq,miRNA,450K等等），所以我并没有在B站录制公益教学视频。
有趣的是，最近突然接到了一些粉丝求助，关于免疫组库数据处理的。所以就系统性的整理一下相关知识点，并且带领大家实战演练一个完整的免疫组库测序数据项目分析流程哈。 Continue reading →

有学徒提问，根据我b站课程，知道了org.db包是有规律的，比如： Continue reading →

《道德经》“玄之又玄，众妙之门”

gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了，我也多次讲解：

• GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）

• GSEA的统计学原理试讲

• GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 Continue reading →

众所周知，我们生信技能树的教学团队提供的付费产品服务就两个：

• 生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课
• 数据挖掘第2期（两天变三周，实力加量），医学生/临床医师首选技能提高课 Continue reading →

又是一个年度更新帖，主要是看到了粉丝留言，对我前面(2018及2019年)分享的个人计算机推荐 信息的更新： Continue reading →

不知道多久以前在朋友圈看到转发分享：因为疫情，Johns Hopkins的Project Muse 限时免费，包括普林斯顿、康奈尔、乔治亚、哈佛、港中文、ACA、Early Theatre等40多家出版社基本都开放了自己的电子资料库，共有近24000本原版英文书，282本期刊。 链接是：https://about.muse.jhu.edu/resources/freeresourcescovid19/ Continue reading →

前些天为了帮助广大粉丝度过难关，所以开放了生信技能树全平台的招聘信息，见：还说啥呢，继续免费啊，而且里面还有一个是：购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务，有粉丝留言说之前我们还赠送服务器的，现在居然还要自己购买，这免费活动不诚心啊！我连忙删除了这个留言还把它拉黑！ Continue reading →

非常多的粉丝在我们生信技能树后台留言询问，为什么他/她关注的基因明明是癌基因，明明是在肿瘤病人高表达（TCGA数据库搜索后的结果），但是却发现它对生存的影响居然是保护因子！（同样的网页工具）

所以我这里安排一个学徒作业，大家需要去下载TCGA数据库的BRCA这个癌症的芯片和RNA-seq的表达矩阵，分别进行差异分析，拿到统计学显著的上下调基因列表。 Continue reading →

任何一个编程语言， 要想足够好用，都必须要有完善的代码调试机制，毕竟谁写代码还不碰到几个bug呢。

比如R语言编程，简单的R代码调试，其实靠head，str，help函数即可。所以我从强调初学者应该是要至少把这3个函数敲1000遍以上。比如，群里有人问它的表达矩阵里面的探针ID，跟他准备好的探针ID与基因对应表格， 无法匹配，自己在Excel手动搜索，明明是每一个探针都存在于准备好的探针ID与基因对应表格里面。 Continue reading →

最近有朋友发给我一个很有意思的招聘： Continue reading →

前面我们预告了：购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务，也就是十几块钱的事情，当然了，也有部分粉丝留言哭穷，其实我也给了解决方案，见：什么，你连10块钱的云服务器都不想买 Continue reading →

我们生信技能树在各个ngs组学方面系统性整理了1.3万篇教程，都是偏向于编程技术，绘图可视化，项目实战。很少涉及到具体的生物学背景概念，因为绝大部分转生物信息学工程师的小伙伴都是有至少4年的生物学背景，生物大分子，中心法则都没有问题。 Continue reading →

最近看到朋友圈都在宣传一个队列研究成果，就是2020年4月30日，ChinaMAP联盟携全国29家研究机构和医院，在中科院上海生命科学研究院主办的Cell Research**杂志发表了长文章“The ChinaMAP analytics of deep whole genome sequences in 10,588 individuals”。 Continue reading →

前面我在生信技能树旗下各大公众号平台号召过粉丝在家里看视频搞学习，分享了 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，因为确实宅家是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading →

做知识分享这六年，太多粉丝需要帮助，所以我选择了全部无偿公开我所有技能，不仅仅是R和Linux基础，还包括多种ngs技术数据处理，甚至单细胞，这些教学视频都在B站。这样我就可以轻松上阵，但是千分之一左右粉丝是有科研经费，而且也没有时间精力慢慢看教程钻研摸索的，所以我们仍然是提供一点点学习辅导服务： Continue reading →

有意思的是，如果能合理的提问，绝大部分问题其实就可以自己抽丝剥茧的解决掉

最近有一个学徒非常执着的要自费私聊提问（主要是专家咨询费），这里需要说明一下，我其实每天都会处理十几个粉丝提问，部分比较耗费时间的问题就会让大家等等，因为我也不是每天没事只做公益。除非是实在是等不及的，才需要自费紧急求助于我。 Continue reading →

加过我们各种学习群的生信技能树的粉丝应该是对我们的拉群小助手不陌生：

• 一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码
• 购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务
• lncRNA-seq数据分析之新lncRNA鉴定和注释视频课程众筹 Continue reading →

最近有两年前的学生过来寻求合作，让我想想给我tcga数据库过万病人的原始测序数据，我可以做什么方法学的创新。我想把这个问题抛给粉丝：

假设给你tcga数据库过万病人的原始测序数据你可以做什么？？？ Continue reading →

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：

• 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
• 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图）
• 3、探索各类肿瘤与对照的全局（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（差异分析流程） Continue reading →

前面我已经把全网第一个单细胞课程（基础课程）免费公布在B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055

• 结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
• 课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0 Continue reading →