我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了“铺天盖地的”留言和私信，比如： Continue reading →

我这七年写了几万篇教程，制作了几百个小时的教学实战演练视频课程，都是免费分享在各大网站（B站，知乎，简书，博客，GitHub，微云），必然会出现部分教程过时，一些资料缺失（主要是链接失效）。而且很多平台都是生信技能树的各个志愿者帮忙打理，我不可能要求大家伙在辛辛苦苦帮我整理和发布资料的同时还提供答疑。比如这几天在登陆b站，就看到了这两年来积累的“铺天盖地的”留言和私信，我已经在：免费视频课程《RNA-seq数据分析》交流群组建通知 列出来了。 Continue reading →

昨天有粉丝看到了 转录组公益课（含单细胞）(名额有限，先到先得)，发邮件给我说，实在是太激动了，之前去了解了各种单细胞培训班，动辄好几千而且才两天课程，很多都是“挂羊头卖狗肉”。但是导师一直push他去外面参加培训，舟车劳顿不说，还基本上没有收获。因为导师觉得免费的，或者低价的，肯定质量很差。 Continue reading →

没有服务器的生信工程师就好似武侠小说中江湖上没有兵器的大侠，战斗力大打折扣。我们生信技能树联合「云筏-科研云」在 《共享生信云服务器（64线程256G内存）内测半价活动》 基础上，精心准备好了3套成型的生信云，献给即将或者已经成为生信工程师的你们！ Continue reading →

基因测序包括全基因组，全外显子组，以及捕获基因测序，不同技术研究的基因组范围不一样，都有自己合适的方向。还有另外一种分类是基于生物学应用，比如肿瘤外显子，家系外显子等等。 Continue reading →

号外：绝大部分生信技能树粉丝都没有机会加我微信，已经多次满了5000好友，所以我开通了一个微信好友，前100名添加我，仅需150元即可，3折优惠期机会不容错过哈。我的微信小号二维码在：0元，10小时教学视频直播《跟着百度李彦宏学习肿瘤基因组测序数据分析》 Continue reading →

看到我们生信技能树的教学群有学员提问这样的图如何绘制： Continue reading →

最近在生信技能树分享了几个miRNA的靶向基因的查询工具，分别是：

• microRNAs靶基因数据库哪家强
• 使用miRNAtap数据源提取miRNA的预测靶基因结果
• 对miRNA进行go和kegg等功能数据库数据库注释 Continue reading →

巧妇难为无米之炊，我们作为生信工程师如果没有一个趁手的服务器，很多ngs上游分析都无从谈起。
但是生物信息学在我们生信技能树这些年的大力推广下，已经走入生命科学领域寻常百姓家，大量湿实验工作者开启了他们的编程人生，大大的超出了服务器的配置速度。其实不同实验室不同课题，对服务器的需求不一样，可以简单总结如下： Continue reading →

最近接到粉丝求助，他看到了一个很简单的肿瘤单基因数据挖掘文章：A TP53-associated gene signature for prediction of prognosis and therapeutic responses in lung squamous cell carcinoma**提到了一个药物预测分析： Continue reading →

小提琴图在单细胞领域应用非常广泛，能比较好地展现具体的某个基因在不同的单细胞亚群的表达量高低分布情况，如下： Continue reading →

我在GitHub有很多代码仓库，战绩还不错，帮助了十万生信工程师，地址是：https://github.com/jmzeng1314

不过，我比较懒，写代码仅仅是顺手而为，其实对代码本身并不感兴趣，编程这个东西，思维上没有挑战，太简单了，不想把时间花在上面。 Continue reading →

我在生信技能树分享了一个教程：不要怀疑，你的基因就是没办法富集到统计学显著的通路，强调了大家做生物信息学数据分析的同时，一定要加强统计学基础，比如把差异基因集（500个左右的基因）富集到KEGG数据库通路，本质上就是对每个通路单独做一次超几何分布检验罢了！ Continue reading →

前面我们详细讲解过，sanger研究所科学家【1】提出来了肿瘤somatic突变的signature概念 ，把96突变频谱的非负矩阵分解后的30个特征，在cosmic数据库可以学习它。不同的特征有不同的生物学含义【2】，比如文章【3】 就是使用了 这些signature区分生存！主要是R包deconstructSigs可以把自己的96突变频谱对应到cosmic数据库的30个突变特征。 Continue reading →

我在单细胞天地教程：表达矩阵逆转为10X的标准输出3个文件，详细介绍过 10X文件的3个标准文件： Continue reading →

上周五在三亚摘完芒果就飞往上海见了一下学徒，本来计划是周一飞往山西太原，有意思的是他们防疫政策很高效，要求所有的广东人都需要做核酸检测以及隔离，我就呵呵一下，果断不去了。恰好我的教练发朋友圈说科目一考场开放了，就报名约考周三上午。这样我周一飞回去休息下，第二天有一整个白天时间备考科目一，完美！ Continue reading →

早在2015年，那时候我进入生信领域还不满两年，就看到了一则新闻，说百度CEO李彦宏将个人捐赠3000万元，支持百度与北京协和医学院针对食管癌基因组研究的合作。 Continue reading →

我在生信技能树多次写教程分享WGCNA的实战细节，见：

• 一文看懂WGCNA 分析(2019更新版) Continue reading →

最近看到文献里面提到了针对膀胱癌的METTL3基因的生存分析，我定睛细看，发现并不是TCGA里面的表达数据，而是IHC的结果，如下： Continue reading →

前面我已经把全网第一个单细胞课程（基础课程）免费公布在了B站：https://www.bilibili.com/video/av38741055

• 结业考核20题：https://mp.weixin.qq.com/s/lpoHhZqi-_ASUaIfpnX96w
• 课程配套资料文档在：https://docs.qq.com/doc/DT2NwV0Fab3JBRUx0 Continue reading →