我在B站阅读量10万＋的视频合辑：【生信技能树】生信人应该这样学R语言 ， https://www.bilibili.com/video/BV1cs411j75B?p=33 最后一讲，有一个彩蛋，里面其实是P33#福利# 使用rmarkdown制作转录组差异分析结题报告 ，这些年不间断推广，让这个rmarkdown报表走入了成千上万的粉丝！ Continue reading →

我在生信技能树公众号发的《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》给初学者的六步系统入门R语言，知识点路线图如下： Continue reading →

我在生信技能树公众号发的《[生信分析人员如何系统入门R(2019更新版).](https://mp.weixin.qq.com/s/xOT4QGQsBMwu6R38AE9Y6A》给初学者的六步系统入门R语言，**知识点路线图**如下： Continue reading →

五年前我在生信菜鸟团博客分享了 一篇文章学会miRNA-seq分析 ，使用 RNA expression profiling of human iPSC-derived cardiomyocytes in a cardiac hypertrophy model. PLoS One 2014;9(9):e108051. PMID: 25255322 文章里面的 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE60292 数据集，2个分组，共6个样本。 Continue reading →

单细胞技术大热，其数据分析里面很重要的一个环节就是可视化，真的是五花八门了！我们在单细胞天地公众号分享过几百篇单细胞CNS文章阅读笔记，大家可以看得到： Continue reading →

有两个很重要的参数：

• -m，指定最大比对到基因组的次数（suppress all alignments if > exist (def: no limit))
• -v或者-n，允许最大错配数，为[0-3] Continue reading →

shell
echo "START"

​ 大家好，我是熊猫。

​ 事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片： Continue reading →

很多朋友都有这样的疑问，为什么别人绘制出来的热图，差异那么明显，除了首先他们本身就先做了差异分析，挑选出来了有差异的基因，然后才热图可视化外，其实还有一个步骤，就是按照基因（行）对表达矩阵进行zscore转换。 Continue reading →

最近看到某公司宣传他们的科研服务产品，是miRNA的芯片，而且文章居然是2011发表的，那个时候我还不知道生信是啥子。(我一直以为自己足够老了)

该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片，非常清晰的研究思路；

• 60+88个肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁的miRNA芯片表达矩阵，数据集在：GSE15008 Continue reading →

最近看到某公司宣传他们的产品，是lncRNA的芯片，文章是2015发表的，研究思路很清晰：

• 119个食管癌病人的肿瘤组织和配对样品的lncRNA芯片数据，在GSE53624
• 芯片平台比较老旧了，是Agilent human lncRNA+mRNA array V.2.0
• 把119个食管癌病人数据拆分成为 training (n=60) and test (n=59) 数据集 Continue reading →

最近看到朋友圈有人分享了2020年4月24日，北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、生命科学学院白凡与国家癌症中心、中国医学科学院肿瘤医学张海增课题组合作在Nature Communications杂志上在线发表了研究论文：Mapping the spreading routes of lymphatic metastases in human colorectal cancer（人类结直肠癌向淋巴系统转移的路径研究）。 Continue reading →

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：

• 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
• 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图） Continue reading →

前面我已经学习完了jimmy老师的B站单细胞水平并且提交笔记：处理单细胞? Bioconductor就够用了，希望对大家有帮助哈！

最近刷视频看到了b站jimmy老师又更新了ATAC-seq系列教学指引，赶紧花几天时间follow了一遍！而且把我自己学习笔记分享给大家： Continue reading →

对人和鼠科研项目来说，各种NGS测序数据分析起来都是有成熟的流程和工具，但是并不是使用的物种都是有参考基因组和注释文件的，走流程的前提就需要先测定自己研究的物种的基因组，组装起来。 Continue reading →

最近有粉丝表示，跟着我的最新lncRNA视频学习后，走她自己感兴趣的项目，惊奇的发现，GAPDH这个基因并没有表达量，怀疑是我的芯片探针ID注释有问题。
我勒个去，火都烧到家门口了，必须迎战。
首先，我花了几分钟查看了该文章和数据集 Continue reading →

日常刷文献，看到一个热图，非常长！如下： Continue reading →

在分享我是如何培养学徒的时候，提到了一个很有意思的数据处理故事： Continue reading →

昨天，我们在生信技能树讨论了miRNA-seq数据分析流程，并且提出来了一个问题，就是为什么现在很多流程仍然是使用bowtie而不是bowtie2，见：miRNAseq数据分析这么多年了它的流程也没有固定 Continue reading →

不知道多久以前在朋友圈看到转发分享：因为疫情，Johns Hopkins的Project Muse 限时免费，包括普林斯顿、康奈尔、乔治亚、哈佛、港中文、ACA、Early Theatre等40多家出版社基本都开放了自己的电子资料库，共有近24000本原版英文书，282本期刊。 链接是：https://about.muse.jhu.edu/resources/freeresourcescovid19/ Continue reading →