有粉丝求助，她做850K甲基化芯片数据处理的时候，使用champ流程，然后报错非常诡异，是Failed CpG Fraction，各种查资料都无法解决，我让她复制粘贴报错的关键信息，如下： Continue reading →

因为最近自己购置了一个全新的Windows电脑，所以就系统性的配置了全部的生物信息学相关软件，当然是也包括R语言啦，毕竟我一直强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理： Continue reading →

做数据挖掘的朋友们都懂，cytoscape的出镜率非常高，主要是因为太多人对R语言的掌握程度不好，所以只能是借助cytoscape这样的可视化软件，cytoscape是java语言开发的，也有很多人在cytoscape的基础上面开发插件，而且有一些插件就可以单独发表SCI文章，有点类似于在R语言的平台上面开发R包就可以发文章一样。 Continue reading →

科研热点就是这样，两三年就换一批，抢热点大概率上就是摘那些低垂的果实。
相信大家这两年都见证了单细胞测序的火爆， 不管是紧锣密鼓的CNS文章，还是雨后春笋般的培训班。单细胞的光环太多了： Continue reading →

前面我们布置了学徒任务，复现一下DNA甲基化的组织特异性，见：学徒任务-探索DNA甲基化的组织特异性 。同样的，其它分子，肯定也会有组织特异性，比如lncRNA。发表在Comput Math Methods Med. 2019的文章：Portrait of Tissue-Specific Coexpression Networks of Noncoding RNAs (miRNA and lncRNA) and mRNAs in Normal Tissues 就统性探索了lncRNA表达量的组织特异性。 Continue reading →