前面我提到了使用自己的闲置服务器跑10x单细胞转录组上游流程（10x的cellranger count 流程）特别慢，可能是Windows的ubuntu子系统，而不是纯正的ubuntu这样的Linux？所以就干脆重新安装一个ubuntu双系统。见：参考基因组用错了单细胞转录组流程照样可以走通 Continue reading →

有一些杂志的附件真的很让人奔溃，每一个图表都是独立的文件，关键是我们的网页浏览器默认是打开而不是下载，所以要频繁的点击保存到本地电脑成为文件。

比如2020年7月的这个文章：Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma ，直接拉到文末，就可以看到： Continue reading →

太多人问没有云服务器，其实就是说没有Linux操作系统，很多生物信息学软件用不起来。我们虽然在生信菜鸟团已经发布的：购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务 ，提到了可以每个月花几块钱购置一款《1核2G服务器》标准品，既可以练习Linux命令，也可以打搭建一个博客：五分钟搞定你的个人博客，还可以做图床，或者隧道。但毕竟配置太低了，1核2G的电脑现在商城里面其实都买不到了。 Continue reading →

但是，能走通流程，并不代表可以有好的生物学解释
前些天我发布了 cellranger更新到4啦，提到了可以免费做一下10X的单细胞转录组数据上游分析，反正刚刚购买的服务器闲着也是闲着。然后，马上就有粉丝寄给我一个2.4T硬盘，里面有24个10X单细胞转录组原始测序数据，真的是超级大，两个星期过去了，我还没有跑完。可能是自己的服务器有点辣鸡吧，或者说因为我使用的是Windows的ubuntu子系统，而不是纯正的ubuntu这样的Linux？ Continue reading →

最近在系统性总结类器官相关研究，发现2015发表在CELL杂志的-CRC-类器官研究里面居然还有单细胞数据，它不仅仅是类器官应用到肿瘤领域研究的早期代表作，而且也早于单细胞成为科研爆发热点期。 Continue reading →