下午开工的时候打开微信，就看到了这个让人开心的提示：

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注意到这个研究是因为自己也一直在看乳腺癌相关文献，2021年1月新鲜出炉的，标题是：《Prevalence and reclassification of BRCA1 and BRCA2 variants in a large, unselected Chinese Han breast cancer cohort》，链接是：https://link.springer.com/article/10.1186/s13045-020-01010-0 Continue reading →

以前在《生信技能树》（才发现居然已经是 2019-08-22的事情了）我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence Archive)：[不止是NCBI的SRA可以下载测序数据] Continue reading →

我看到2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》，链接是： Continue reading →

昨天在《单细胞天地》发表了一个简短的文献分享，见：单细胞转录组研究的同时也可以加上传统bulk转录组，提到了一个可以被使用单细胞数据分析纳入的一个点，就是把bulk转录组差异分析拿到的 上下调基因分解到了不同的细胞亚群。 Continue reading →

前些天我们在《生信技能树》和《生信菜鸟团》同步宣传了：Linux公益课2021，对广大粉丝来说确实是好事。不过超多数量粉丝表示自己并没有Linux服务器，有点尴尬啊，大量NGS数据的处理，比如单细胞，没有服务器那简直是空想。 Continue reading →

目前单细胞转录组以10X公司为主流，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger全部使用细节及流程，大家可以自行前往学习，如下： Continue reading →

我在前面的推文合理的提出来了一个讨论：所以GSE号也可以弄错吗，很多被该公司坑害过的科研伙伴们留言让我们去Google关键词”KangChen Biotech Retraction”, 就明白该公司的劣迹斑斑了。但是居然有人留言恐吓我： Continue reading →

春节期间刷文献，看到文章《OCTAD: an open workspace for virtually screening therapeutics targeting precise cancer patient groups using gene expression features》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41596-020-00430-z 提到了GEO和ArrayExpress数据库资源，以前没有概念，看完之后，大吃一惊啊： Continue reading →

首先你需要认识node数据库哦，见：https://mp.weixin.qq.com/s/ygOMbwm4tMi2AitguXmcwQ

然后呢，以前jimmy老师分享过 SRA和GEO数据库的规律，见：

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前面介绍了R的统计函数，有好多小伙伴通过留言反馈，说对R语言的数据结构还不是很清楚，今天我们就聊一下R中关于数据那点事。

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本人做肺纤维化研究，近期在Science Advance 上连续发了两篇单细胞文章，所以计划根据单细胞天地胶质瘤的单细胞CNS复现系列推文，复现一下。

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六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。自己一个人能做的很有限，很庆幸这些年有各式各样的小伙伴加入我们《生信技能树》小圈子，一起建设shiny知识体系。最近有空，就安排实习生整理了一下各个公众号关于R语言的shiny体系搭建网页工具的教程，供大家系统性学习！

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最近学徒在发给我每日汇报的时候，提到了一个有趣的《知乎》问答，链接是：https://www.zhihu.com/question/401362429 ，内容如下： Continue reading →

有一个现象很有意思：虽然99%的粉丝找到我的都是希望我能给他一点学习资料，或者回答他一些技术问题，甚至有些极端的粉丝白嫖了我的技术教程和公益课程后还希望我给他发红包。但是也有那么一小撮人，非常的“热心肠”，对我的很多做法感觉非常的不能理解，一定要试图说服我，把生信技能树往商业的道路上“扶正”，让我远离那样的白嫖党。 Continue reading →

大庇天下寒士俱欢颜！
基础配置：96核心384G内存的超级服务器(共享)使用权一年（年付费600元人民币即可），每个人独立磁盘空间200~300G。（硬盘可根据需求付费增加）
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我与生信技能树的缘分在2019年的夏天开始的，之前做的实验都是湿实验，学的生信知识还是大学仅有的一门生物信息学课上，学的极其基础只是学会用一些网页工具和序列比对的工具。缘分兜兜转转，因为考研调剂调到了生物信息学，当时我只是想有个学上，觉得生信这个专业稍微好调剂点，而且有一点点兴趣，但是对于自己后面究竟要干点什么是不 Continue reading →

有粉丝提问：跟着我们《生信技能树》的教程：借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法 做他自己的单细胞数据集的gsva发现内存不够，但他自己的个人电脑已经是32G的顶配了，一时间没办法搞到服务器。 Continue reading →

众所周知，StatQuest生物统计学视频是一个很优秀的生物统计学系列教程，教程作者是Josh Starmer （个人博客https://statquest.org/），生信菜鸟团很早之前就推过相关的学习资源。见： Continue reading →