NGS流程层出不穷，哪怕是以我持续7年累积写作1.3万篇教程的高产来说，也没办法囊括全部的知识点。但是只需要学到了我的知识整理方法，对一个入门级别工程师来说，摸索新流程其实并不难！这里，我们以CUT&Tag 数据处理为例子，因为今早起来我在朋友圈看到了“二货潜”的分享，非常认真的一个小伙伴，他给CUT&Tag 数据处理写了一个手把手教程，没有遇到应有的读者，值得大力推荐： Continue reading →

翻译自：https://constantamateur.github.io/2020-10-24-scBatch2/
更多教程见其博客：https://constantamateur.github.io/ Continue reading →

前面我们已经完成了cytof数据处理的主要步骤，读入文件，质量控制，降维聚类分群，生物学注释和细胞亚群比例差异分析。 目录如下： Continue reading →

前面我们展现了 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，然后呢，第二次分群的上皮细胞可以细分恶性与否，免疫细胞呢，细分可以成为: B细胞，T细胞，巨噬细胞，树突细胞等等。实际上每个免疫细胞亚群仍然可以继续精细的划分，以文章为例： Continue reading →

翻译自：https://constantamateur.github.io/2020-10-24-scBatch2/

更多教程见其博客： https://constantamateur.github.io/2020-04-10-scDE/

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我注意到绝大部分肿瘤相关的单细胞转录组研究的落脚点都是在肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例，包括 B细胞，T细胞，巨噬细胞，树突细胞等等，而且这些细胞亚群都是可以继续细分。但实际上在没有单细胞转录组数据这个技术之前，也是可以探测肿瘤免疫微环境个细胞亚群比例的，比如流式细胞仪。但是我查了一下，发现这个仪器还蛮贵的，比如一个招标信息《上海交通大学流式细胞分选仪，200万》： Continue reading →

众所周知，测序数据单端测序就是一个fq文件，双端测序就2个。但是呢，10X的单细胞转录组原始数据的话， 比较特殊，它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 Continue reading →

前面我们公布了《cytof数据资源介绍（文末有交流群）》，现在就开始正式手把手教学。

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前面我们公布了《cytof数据资源介绍（文末有交流群）》，现在就开始正式手把手教学。

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下午开工的时候打开微信，就看到了这个让人开心的提示：

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注意到这个研究是因为自己也一直在看乳腺癌相关文献，2021年1月新鲜出炉的，标题是：《Prevalence and reclassification of BRCA1 and BRCA2 variants in a large, unselected Chinese Han breast cancer cohort》，链接是：https://link.springer.com/article/10.1186/s13045-020-01010-0 Continue reading →

以前在《生信技能树》（才发现居然已经是 2019-08-22的事情了）我们介绍过中科院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发的原始组学数据归档库GSA (Genome Sequence Archive)：[不止是NCBI的SRA可以下载测序数据] Continue reading →

我看到2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》，链接是： Continue reading →

昨天在《单细胞天地》发表了一个简短的文献分享，见：单细胞转录组研究的同时也可以加上传统bulk转录组，提到了一个可以被使用单细胞数据分析纳入的一个点，就是把bulk转录组差异分析拿到的 上下调基因分解到了不同的细胞亚群。 Continue reading →

前些天我们在《生信技能树》和《生信菜鸟团》同步宣传了：Linux公益课2021，对广大粉丝来说确实是好事。不过超多数量粉丝表示自己并没有Linux服务器，有点尴尬啊，大量NGS数据的处理，比如单细胞，没有服务器那简直是空想。 Continue reading →

目前单细胞转录组以10X公司为主流，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger全部使用细节及流程，大家可以自行前往学习，如下： Continue reading →

我在前面的推文合理的提出来了一个讨论：所以GSE号也可以弄错吗，很多被该公司坑害过的科研伙伴们留言让我们去Google关键词”KangChen Biotech Retraction”, 就明白该公司的劣迹斑斑了。但是居然有人留言恐吓我： Continue reading →

春节期间刷文献，看到文章《OCTAD: an open workspace for virtually screening therapeutics targeting precise cancer patient groups using gene expression features》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41596-020-00430-z 提到了GEO和ArrayExpress数据库资源，以前没有概念，看完之后，大吃一惊啊： Continue reading →

首先你需要认识node数据库哦，见：https://mp.weixin.qq.com/s/ygOMbwm4tMi2AitguXmcwQ

然后呢，以前jimmy老师分享过 SRA和GEO数据库的规律，见：

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前面介绍了R的统计函数，有好多小伙伴通过留言反馈，说对R语言的数据结构还不是很清楚，今天我们就聊一下R中关于数据那点事。

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