我在 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则 提到了，肿瘤单细胞测序通常是按照下面的4个基因表达量分布进行初步分群 ： Continue reading →

去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过：[SCENIC转录因子分析结果的解读] Continue reading →

最近看到文章 Cancer Cell . 2020 Dec ，标题是《Cathepsin C promotes breast cancer lung metastasis by modulating neutrophil infiltration and neutrophil extracellular trap formation》 Continue reading →

前些天关于小学生寒假作业思考题的推文引发大量的讨论，见：连小学生都开始学编程了。 Continue reading →

无意中看到了于2017年7月发表在cancer cell杂志的文章：《Common Molecular Subtypes Among Asian Hepatocellular Carcinoma and Cholangiocarcinoma》，是泰国人的癌症队列成果。 Continue reading →

gsea分析这方面教程我在《生信技能树》公众号写了不少了，不管是芯片还是测序的表达矩阵，都是一样的，把基因排序即可。那在单细胞分析里面也是如此，首先对指定的单细胞亚群可以做差异分析，然后就有了基因排序，后面gsea分析全部的代码无需修改，我这里演示一个简单的例子给大家哈！ Continue reading →

以下代码需要加载 GSEABase 包：

读取gmt文件看看GeneSetCollection 对象

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深圳模式已经走出了南方科技大学和深圳大学，其实深圳大学城还有3个研究生院，就是清华大学，北京大学和哈工大。 Continue reading →

我注意到2019年，有两个肺癌队列多组学发布，挺有意思的。其实肺癌一直是全球发病率最高的癌症，而 2020 年最新数据显示，乳腺癌新增人数达 226 万，肺癌为 220 万，乳腺癌正式取代肺癌，成为全球第一大癌症。不知道未来会不会出现好几个单位同一时间发布不同的乳腺癌单细胞数据集呢？ Continue reading →

加载本地R包对于大部分R语言初学是一个难题，今天我们来聊一聊如何正确的安装离线R包。 Continue reading →

很多交流群都有粉丝咨询文献的ngs数据下载问题，因为生信技能树在B站的绝大部分视频课程都是三五年前录制的，所以很多软件更新了，那个时候也不怎么流行conda和aspera高速下载！我那个时候也没有意识到在中国大陆的确的小伙伴使用sra-toolkit的prefetch命令下载sra数据文件居然是很慢！！！ Continue reading →

最近我们公告了《2021生信学习班起航，先送福利》，很多朋友咨询生物信息方面的书籍，这个真的好难推荐啊！我甚至都忘记了自己还有一本生物信息学的书，见 Continue reading →

我去年多次分享过 人类和小鼠的基因名字其实是有规律的，见：人鼠基因转换之首字母大写，但其实我也指出来了，这个规律并不是绝对的。 Continue reading →

可能基本上没有多少《生信技能树》的粉丝知道，其实我的生物信息学技能也是从基因组组装开始的，大概是八九年前我本科还没有毕业就去北京实习，在西四环的青塔那边的水产所跟着大黄鱼等基因组团队做一些打杂工作，同时开启了自己的生物信息学笔记整理和分享生涯，让我甚是怀念啊。 Continue reading →

去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过：SCENIC转录因子分析结果的解读 ，而且前些天我给了一个 [单细胞转录因子分析之SCENIC流程] Continue reading →

微信公众号这个自媒体领域竞争有多激烈呢，这么说吧，哪怕是做活动送福利，咱们生信菜鸟团公众号的高光时刻也就是： Continue reading →

确实没有想到，一个小学生的思考题居然会有336种解法，不会编程，人力几乎是不可能完成的啊！ Continue reading →

作为生物信息学教学队伍的财务一名，我旁观了大量代码实战技巧，也勉强是学会了一下R语言，恰好看到朋友圈单细胞比较火爆，而且群主的CNS图表复现超级容易理解，我也跟着学习了一下，目录如下： Continue reading →

最近有一些“诈尸”的微信好友说我变了，不再像五六年前那样的“乐于助人”了。 Continue reading →

最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台付费求助，想follow一个文章看两个基因组合起来在一个数据集的生存分析。 Continue reading →